Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan penerapan Sistem Pengendalian Intern pada tiga Badan Usaha Milik Desa Kategori Berkembang yang berlokasi di Kabupaten Kebumen, yaitu BUM Desa Bintang Terang Desa Kembaran, BUM Desa Arta Guna Desa Kebulusan, dan BUM Desa Margo Mulyo Desa Jatimulyo. Penelitian menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif dengan instrumen evaluasi milik Inspektorat yang disusun berdasarkan lima unsur Sistem Pengendalian Intern Pemerintah sebagaimana diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008. Hasil analisis menunjukkan bahwa ketiga BUM Desa memiliki fondasi lingkungan pengendalian yang relatif kuat dan konsisten. Namun, ditemukan variasi signifikan dalam penerapan unsur penilaian risiko, kegiatan pengendalian, serta informasi dan komunikasi. BUM Desa Bintang Terang menunjukkan penerapan pengendalian intern paling optimal dengan skor capaian 92,86 persen (memadai), disusul BUM Desa Arta Guna dengan tingkat kepatuhan 51,85 persen (cukup memadai), dan BUM Desa Margo Mulyo dengan skor 39,29 persen (tidak memadai). Salah satu permasalahan umum yang ditemukan adalah masih terbatasnya pemanfaatan teknologi dalam pencatatan dan pelaporan keuangan. Temuan ini menunjukkan pentingnya penguatan sistem pengendalian intern secara berkelanjutan serta percepatan digitalisasi tata kelola keuangan BUM Desa.