KARAKTERISASI MORFOLOGI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER LIMNOSPIRA AIR TAWAR DAN AIR PAYAU BERDASARKAN GEN 16S rRNA

Oleh :
Bahana Safiria Dito - S902302003 - Fak. MIPA

Limnospira merupakan sianobakteri berbentuk trikoma spiral maupun linier yang berpotensi dalam bidang industri dan pangan karena kaya akan nutrisi. Limnospira dapat hidup di berbagai habitat perairan dengan kondisi lingkungan yang berbeda. Perbedaan lingkungan budidaya dapat memengaruhi karakteristik morfologinya, sehingga karakterisasi berbasis morfologi dinilai kurang akurat. Oleh karena itu, diperlukan identifikasi molekuler menggunakan gen 16S rRNA untuk analisis filogenetik. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskirpsikan karakteristik morfologi, mengidentifikasi Limnospira secara molekuler menggunakan gen 16S dan menentukan hubungan kekerabatan filogenetik isolat Limnospira air tawar dan air payau. Kultur Limnospira air tawar diperoleh dari pembudidaya Limnospira di Bogor (BGR) dan Yogyakarta (MRP) sedangkan kultur Limnospira air payau diperoleh dari Jepara (JPR). Karakterisasi morfologi dilakukan dengan menggunakan mikroskop cahaya perbesaran 400x. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan Zymo Research - Quick-DNA Fungal/Bacterial Miniprep Kit, amplifikasi gen 16S rRNA dilakukan melalui teknik PCR dengan primer forward ATAAGCCTCGGCTAACTCCG dan reverse GGTAAGGTTCTTCGCGTTGC, diikuti dengan sekuensing DNA. Analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA11 untuk membangun pohon filogeni. Morfologi JPR berbentuk spiral menyerupai Arthrospira sp., sedangkan pada BGR dan MRP yaitu filamen berbentuk lurus dan tipis menyerupai Jaaginema sp.  Identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA menunjukan bahwa isolat BGR memiliki kemiripan tertinggi dengan Limnospira platensis A1 (100%), JPR dengan Arthrospira sp. IAQUASC-C0001 (99,78%) dan isolat MRP dengan Limnospira maxima SISCA (99,57%). Analisis filogenetik menunjukan ketiga isolat memiliki hubungan kekerabatan dengan genus Arthrospira/Limnospira, namun menunjukan variasi tingkat kekerabatan antar isolat.