Matoa (Pometia pinnata JR Forst & G Forst) termasuk dalam keluarga Sapindaceae dan menjadi tanaman khas dan berasal dari Papua. Matoa memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai bahan baku dalam pembuatan biodiesel. Kandungan lemak yang terdapat dalam biji matoa menjadi sumber minyak nabati pembuatan biodiesel. Tujuan penelitian yaitu untuk mendapatkan waktu pengaplikasian kitosan, mendapatkan jenis matoa dan mendapatkan interaksi antara waktu pengaplikasian kitosan dan jenis matoa yang dapat meningkatkan pertumbuhan matoa. Metode penelitian yang digunakan yaitu Rancangan Acak Lengkap dengan dua faktor. Faktor pertama yaitu waktu pengaplikasian kitosan (pagi hari, sore hari, pagi dan sore hari) dan faktor kedua yaitu jenis matoa (matoa merah, matoa hijau dan matoa kuning). Kitosan diberikan dengan konsentrasi 4%. Analisis data dilakukan menggunakan analisis ragam dan apabila menunjukkan signifikan dilanjutkan dengan menggunakan DMRT (Duncan’s Multiple Range Test) pada tingkat galat (?) 5%. Hasil penelitian pada 12 minggu setelah tanam menunjukkan waktu pengaplikasian kitosan pagi hari memberikan hasil terbaik pada laju fotosintesis tanaman matoa, waktu pengaplikasian kitosan sore hari memberikan hasil terbaik pada tinggi dan laju fotosintesis tanaman matoa, serta waktu pengaplikasian pagi dan sore hari memberikan hasil terbaik pada diameter batang tanaman matoa. Pertumbuhan pada semua jenis matoa (matoa merah, matoa hijau, dan matoa kuning) sama. Interaksi waktu pengaplikasian kitosan sore hari dengan jenis matoa hijau memberikan hasil terbaik pada tinggi tanaman matoa, interaksi waktu pengaplikasian kitosan sore hari dengan matoa merah serta interaksi waktu pengaplikasian kitosan pagi hari dengan matoa hijau memberikan hasil terbaik pada laju fotosintesis tanaman matoa
