Cabai merah (Capsicum annuum L.) merupakan komoditas pangan dengan
nilai ekonomi yang tinggi. Permintaan cabai selalu bertambah setiap tahunnya seiring
dengan pertumbuhan penduduk serta perkembangan industri yang mengunakan bahan
baku cabai. Untuk meningkatkan kualitas dan kuantitas produksinya maka dilakukan
persilangan antara cabai merah varietas Laris yang memiliki jumlah produktivitas
yang tinggi dengan varietas SSP yang memiliki daya simpan yang tinggi oleh
kelompok peneliti BRIN. Hasil F2 dari persilangan tersebut diharapkan dapat
membawa sifat turunan unggul dari para tetua, oleh karenanya dilakukan identifikasi
keragaman genetik menggunakan marka molekuler SSR. Simple Sequence Repeat
(SSR) merupakan marka molekuler dengan prinsip kerja yang mengacu pada teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR).
Penelitian ini menggunakan 13 marka SSR (Simple Sequence Repeat) terhadap
24 genotipe cabai merah dan analisis keragaman genetik dengan menggunakan
program perangkat lunak Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System
(NTSYS) 2.0. Berdasarkan hasil PCR dan variasi alel yang muncul menunjukkan
adanya keragaman genetik pada populasi F2 persilangan dari tetua SSP dan Laris. Populasi F2 terbagi dalam 6 klaster berdasarkan koefisien kemiripan 0.798. Progeni
yang berada dalam klaster terpisah dengan kedua tetua sejumlah 13 nomor dapat
dijadikan sebagai bibit unggul baru tahan daya simpan. Perlu dilakukan penelitian
berdasarkan karakter morfologi cabai pada populasi F2 dan tetua untuk melihat
keragaman berdasarkan fenotipe sebagai pembanding dari hasil marka molekuler SSR.
