Karakteristik pembelajaran konsep jaringan tumbuhan yang saat ini telah dilakukan belum mampu memberdayakan Scientific Explanation (SE). Data menunjukkan bahwa hanya 8% peserta didik yang berada pada kategori high, 36?rada pada kategori moderate, dan 56% pada kategori low. Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengetahui karakteristik pembelajaran jaringan tumbuhan pada pembelajaran biologi untuk memberdayakan SE saat ini; 2) mengetahui karakteristik desain pembelajaran LP jaringan tumbuhan untuk pemberdayaan SE; dan 3) mengetahui pengaruh desain LP jaringan tumbuhan terhadap SE peserta didik. Penelitian ini merupakan penelitian dengan a multiphase mixed method design. Uji pengaruh desain LP jaringan tumbuhan terhadap SE peserta didik dilakukan menggunakan Quasi-experiment dengan non-randomized control group, pretest-posttest design. Sampel penelitian merupakan peserta didik kelas XI MIPA 1, 2, dan 3 di salah satu SMA di Ponorogo. Data kualitatif seperti hasil wawancara dan FGD dianalisis dengan manual coding, sedangkan data kuantitatif dianalisis dengan anacova. Hasil penelitian menunjukkan bahwa proses pembelajaran konsep jaringan tumbuhan yang selama ini belum optimal dalam memberdayakan SE. Karakteristik desain pembelajaran berbasis LP pada jaringan tumbuhan yang diperlukan dalam pemberdayaan SE diantaranya adalah menggunakan pendekatan student center, menggunakan media berupa objek langsung, serta menerapkan urutan konsep dari yang paling sederhana menuju konsep yang abstrak atau kompleks. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa desain pembelajaran berbasis LP konsep jaringan tumbuhan berpengaruh secara signifikan terhadap kemampuan SE peserta didik.
