Di Indonesia terdapat lima provinsi yang diberikan kewenangan otonomi khusus, empat di antaranya diberikan kewenangan tersebut karena tingkat kesejahteraan yang rendah. Penelitian terdahulu mengungkapkan bahwa alokasi anggaran otonomi khusus masih rendah dan inefisien. Penelitian ini bertujuan dan berfokus pada efisiensi otonomi khusus dan bagaimana pengaruhnya terhadap tingkat kemiskinan. Metode yang digunakan yaitu Data Envelopment Analysis (DEA), one-way ANOVA, dan analisis regresi data panel. Metode DEA menggunakan tiga variabel input dan output. Pada analisis regresi data panel terdapat satu variabel dependen (tingkat kemiskinan) dan tujuh variabel independen (nilai efisiensi, belanja fungsi pendidikan, belanja fungsi kesehatan, belanja fungsi pelayanan umum, rata-rata lama sekolah, angka harapan hidup, dan persentase rumah tangga dengan air minum layak). Hasil perhitungan efisiensi menunjukkan bahwa hanya ada beberapa kabupaten/kota di provinsi dengan kewenangan otonomi khusus yang secara konsisten mampu mencapai tingkat efisiensi. Hasil analisis komparasi menunjukkan bahwa rata-rata nilai efisiensi tertinggi diperoleh Provinsi Yogyakarta sebesar 0,998, dan rata-rata terendah adalah Provinsi Papua Barat sebesar 0,965. Hasil analisis regresi data panel memberikan hasil bahwa di Provinsi Aceh dan Indonesia seluruh variabel independen berpengaruh signifikan terhadap tingkat kemiskinan. Pada Provinsi Yogyakarta terdapat tiga variabel yang berpengaruh signifikan terhadap tingkat kemiskinan. Pada Provinsi Papua dan Papua Barat terdapat empat variabel yang berpengaruh signifikan terhadap tingkat kemiskinan. Berdasarkan hasil penelitian, saran yang diberikan yaitu mengoptimalkan alokasi anggaran dana otonomi khusus sesuai dengan perhitungan potential improvement supaya mencapai tingkat efisiensi. Selanjutnya, melakukan optimalisasi pembangunan dan optimalisasi anggaran sesuai dengan variabel yang berpengaruh signifikan terhadap penurunan tingkat kemiskinan.
