Taman Nasional Gunung Merbabu (TNGMb) merupakan kawasan konservasi yang menyimpan kekayaan hayati, salah satunya yaitu tumbuhan anggrek epifit. Penelitian tentang struktur komunitas bakteri endofit pada anggrek epifit di TNGMb belum banyak dilakukan. Terdapat empat spesies anggrek epifit yang ditemukan pada penelitian ini: Bulbophyllum compressa, Dendrobium tenellum, Dendrobium sagittatum, dan Pholidota carnea. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur komunitas bakteri endofit pada 4 spesies anggrek epifit yang ditemukan di hutan TNGMb yang meliputi komposisi, keanekaragaman dan kelimpahan berdasarkan analisis metagenomik dengan menggunakan sekuens gen 16S rRNA. Pengambilan sampel akar anggrek dilakukan di kawasan hutan Resort Ampel dan Wonolelo Taman Nasional Gunung Merbabu. Sterilisasi permukaan dilakukan dengan cara direndam dalam etanol 70% selama 30 detik lalu dilanjutkan dengan perendaman larutan sodium hipoklorit 1% selama 30 detik. Sampel selanjutnya dilakukan ekstraksi DNA, amplifikasi sekuens, dan sekuensing. Data OTU yang diperoleh digunakan untuk mengetahui diversitas alfa dan beta serta distribusi komposisi bakteri endofit dalam komunitas. B. compressa dan D. tenellum memiliki kelimpahan dan diversitas tertinggi. Keempat sampel didominasi oleh Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, dan Bacteroidota. Beberapa genus yang ditemukan dengan kelimpahan tinggi antara lain: Pseudomonas, Serratia, Bifidobacterium, Acinetobacter, dan Escherichia-shigella
