Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya pengaruh miskonsepsi, proses pembelajaran dan lingkungan belajar terhadap kemampuan literasi sains siswa SMP pada pembelajaran IPA. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah dengan menggunakan metode kuantitatif survei dengan sampel sebanyak 304 siswa kelas VIII di Kecamatan Pasar Kliwon Kota Surakarta. Metode analisis yang digunakan adalah model regresi linier berganda. Berdasarkan hasil analisis diperoleh beberapa kesimpulan yaitu Terdapat pengaruh yang signifikan antara miskonsepsi siswa dengan literasi sains dengan nilai koefisien regresi sebesar -0,372 dengan besar kontribusi variabel sebesar 18,9%. Terdapat pengaruh yang signifikan antara proses pembelajaran dengan literasi sains dengan nilai koefisien regresi sebesar 0,279 dengan besar kontribusi variabel sebesar 4,5%. Terdapat pengaruh yang signifikan antara lingkungan belajar dengan literasi sains dengan nilai koefisien regresi sebesar 0,262 dengan besar kontribusi variabel sebesar 2,1%. Terdapat pengaruh yang signifikan antara miskonsepsi dan proses pembelajaran secara simultan dengan literasi sains sebesar 23,9%. Terdapat pengaruh yang signifikan antara miskonsepsi dan lingkungan belajar siswa secara simultan dengan literasi sains sebesar 22,6%. Terdapat pengaruh yang signifikan antara proses pembelajaran dan lingkungan belajar siswa secara simultan dengan literasi sains siswa sebesar 7,6%. Terdapat pengaruh yang signifikan antara miskonsepsi, proses pembelajaran dan lingkungan belajar siswa secara simultan dengan literasi sains sebesar 24,7%.