AMPLIFIKASI GEN SULFOHYDROLASE PADA Eucheuma cottonii DENGAN DESAIN PRIMER DARI Chondrus crispus

Oleh :
Shoffi Nur Malihah - M0404015 -

ABSTRAK Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemungkinan penggunaan primer yang didesain menggunakan data sekuens DNA gen sulfohydrolase dari C. crispus untuk mengamplifikasi gen sulfohydrolase yang terdapat pada E. cottonii, mengetahui sekuens DNA dari gen tersebut dan mengetahui ada tidaknya perbedaan antara sekuens DNA gen sulfohydrolase yang terdapat pada C. crispus dengan yang terdapat pada E. cottonii. Metode yang dipergunakan adalah dengan mengisolasi RNA dari E. cottonii, membuat cDNAnya dan mengamplifikasi gen sulfohydrolase pada tanaman ini melalui OneStep RT-PCR ( Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction dalam satu tahapan berkesinambungan) dengan menggunakan primer yang spesifik untuk gen sulfohydrolase hasil desain dari data sekuens DNA gen sulfohydrolase pada C. crispus. Pita DNA yang diperoleh kemudian dirunut urutan basanya melalui sequencing dengan Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer. Pengujian perbedaan urutan basa gen sulfohydrolase pada kedua spesies ini dilakukan melalui reaksi digesti dengan enzim restriksi FastDigest BamHI. Proses OneStep RT-PCR dapat menghasilkan pita DNA baik menggunakan cetakan mRNA maupun cetakan total RNA dari E. cottonii. Ukuran pita yang diperoleh adalah sekitar 400bp , lebih besar dibandingkan dengan perkiraan ukuran pada C. crispus yang dibuat desain primernya. Untuk memastikan pita tersebut adalah pita dari gen sulfohydrolase dilakukan perunutan sekuens DNA dan pemotongan produk PCR dengan restriksi enzim. Sekuen DNA gen sulfohydrolase pada E. cottonii belum berhasil didapatkan, karena proses separasi pita DNA produk RT-PCR yang belum sempurna menyebabkan penumpukan pembacaan pada elektroferogram. Belum dapat dipastikan apakah pita yang diperoleh melalui RT-PCR pada sampel E. cottonii adalah benar gen sulfohydrolase yang dimaksud. Melalui pemeriksaan digesti dengan menggunakan enzim restriksi FastDigest BamHI, didapat dua potongan, dengan panjang 300 bp dan 100 bp yang sama dengan panjang potongan pada C.crispus. Dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa terdapat dua kemungkinan : produk PCR yang berhasil diamplifikasi dengan primer sulfohydrolase adalah benar gen yang dimaksud, akan tetapi terdapat perbedaan ukuran dan urutan basa gen antara yang terdapat pada C. crispus dengan yang terdapat pada E. cottonii atau produk yang berhasil diamplifikasi dengan primer sulfohydrolase adalah bukan gen yang dimaksud. Kata kunci : Gen Sulfohydrolase, desain primer, Chondrus crispus, Eucheuma cottonii, OneStep RT-PCR