Whey keju merupakan bahan baku alternatif untuk produksi yoghurt karena masih mengandung nutrisi yang bagus. Salah satu bakteri probiotik, yaitu Lactobacillus plantarum sangat penting dalam produksi yoghurt yang berperan sebagai kultur starter. Biji nangka (Artocarpus heterophyllus Lam.) mengandung karbohidrat tidak tercerna yang berperan sebagai agen prebiotik untuk meningkatkan aktivitas dan merangsang pertumbuhan bakteri probiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efek kombinasi whey dan susu sapi sebagai bahan dasar pembuatan yoghurt dengan penambahan karbohidrat tidak tercerna dari biji nangka pada peningkatan pertumbuhan Lactobacillus plantarum dan parameter organoleptik yoghurt. Campuran susu-whey (100:0; 75:25; 50:50; 25:75; 0:100) ditambahkan starter kultur Lactobacillus plantarum 1,5% (v/v) dan prebiotik dari biji nangka. Setelah difermentasi selama 48 jam dengan interval waktu 4 jam, yoghurt dengan penambahan ekstrak biji nangka dapat meningkatkan laju pertumbuhan bakteri Lactobacillus plantarum dan meningkatkan variasi senyawa Short-chain Fatty Acid berupa asam asetat, asam propionat, asam isobutirat, asam butirat dan asam isokaproat. Penambahan prebiotik tersebut juga mempengaruhi parameter rasa, tekstur, aroma dan warna pada yoghurt menjadi lebih baik.