Tanaman ubi
kayu memiliki nilai ekonomi yang signifikan baik sebagai sumber pangan maupun
tanaman komersial. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi berbagai kultivar
ubi kayu dengan menggunakan metode morfologi dan molekuler. Lima kultivar ubi
kayu diidentifikasi di Kabupaten Boyolali, Jawa Tengah: M. esculenta M,
U, KP, HM, dan MH. Pengamatan morfologi difokuskan pada daun, batang, dan umbi,
mengikuti panduan pada buku Selected
Morphological and Agronomic Descriptors for the Characterization of Cassava.
Pengamatan molekuler dilakukan dengan menggunakan teknik DNA barcoding, dengan ribulose-bisphosphate
carboxylase large subunit (rbcL) dan Internal Transcribed Spacer (ITS) sebagai penanda DNA. Penelitian
ini melibatkan beberapa tahap, dimulai dengan isolasi DNA genom menggunakan
Plant Geneaid kit, kemudian visualisasi genom DNA dengan elektroforesis dan
amplifikasi target gen menggunakan primer universal. Selanjutnya, sequencing
Sanger dua arah dilakukan. Sekuens untuk setiap sampel dibandingkan
kemiripannya dengan basis data NCBI menggunakan alat BLAST di situs web NCBI.
NTSYSpc digunakan untuk menganalisis hubungan berdasarkan ciri-ciri morfologi.
Pada saat yang sama, untuk karakteristik molekuler, MEGA11 digunakan untuk
memfasilitasi analisis komposisi nukleotida, penghitungan jarak genetik, dan
konstruksi pohon filogenetik. Analisis morfologi menunjukkan variasi
substansial dalam warna tangkai daun, jarak antar ruas batang, bentuk umbi, dan
tekstur kulit umbi. Kelima kultivar ubi kayu menunjukkan tingkat kemiripan
genetik yang tinggi dengan M. esculenta, yang ditunjukkan dengan cakupan
kueri yang tinggi dan nilai E yang mendekati nol. Khususnya, gen rbcL
memiliki kandungan adenin dan timin (AT) yang lebih tinggi yaitu 57,4%,
sedangkan gen ITS memiliki kandungan guanin dan sitosin (GC) yang lebih besar
yaitu 64,6%.
