Kedelai menjadi penyedia sumber protein bagi masyarakat Indonesia sehingga ketersediaannya sangat penting. Adanya alih fungsi lahan pertanian menyebabkan turunnya produksi kedelai dan memaksa pemerintah melakukan impor dalam jumlah yang besar. Sistem agroforestri, khususnya dengan pohon mahoni, menjadi solusi alternatif karena luasnya hutan yang belum termanfaatkan. Tantangan utama pada sistem ini adalah rendahnya cahaya dan kesuburan tanah yang memicu penyakit fisiologi kedelai. Kendala tersebut dapat dicegah dengan penanaman varietas kedelai yang tahan naungan serta penambahan bahan pembenah tanah berupa biochar. Penelitian ini bertujuan mengkaji varietas, dosis biochar, dan kombinasi yang menghasilkan pertumbuhan dan hasil tertinggi serta paling mampu memitigasi penyakit fisiologi kedelai pada sistem agroforestri mahoni. Penelitian dilaksanakan di KHDTK Gunung Bromo, Kabupaten Karanganyar dan Laboratorium Kimia dan Kesuburan Tanah, Fakultas Pertanian, UNS. Penelitian dilakukan pada bulan April-Juli 2024 menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL) petak terbagi (split plot) faktorial dengan 2 faktor, yaitu dosis biochar (0, 10, dan 30 t.ha-1) dan varietas (Grobogan, Anjasmoro, Dena 1, dan Dena-2) dengan 3 kali pengulangan. Sebagai pembanding, disiapkan lahan terbuka tanpa naungan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dosis biochar 0-30 t.ha-1 pada tanah alfisol tidak mampu meningkatkan pertumbuhan dan hasil kedelai secara signifikan, namun biochar dengan dosis 30 t.ha-1 mampu menghasilkan indeks mitigasi tertinggi. Varietas Grobogan dan Dena-2 menunjukkan pertumbuhan dan hasil tertinggi namun tidak signifikan, sedangkan varietas Anjasmoro dan Dena-1 lebih efektif dalam memitigasi penyakit fisiologis. Kombinasi antara varietas Dena 1 dan dosis biochar 30 t.ha-1 mampu meningkatkan pertumbuhan namun tidak signifikan, sedangkan kombinasi antara Dena-2 tanpa biochar mampu meningkatkan hasil. Penanaman varietas Anjasmoro dan Dena-1 yang diberi biochar dosis 30 t.ha-1 lebih mampu memitigasi penyakit fisiologi dibandingkan kombinasi lainnya. Terjadi interaksi antara varietas dan dosis biochar terhadap semua variabel pertumbuhan, hasil, dan penyakit fisiologi kedelai, namun interaksi yang signifikan hanya ditemukan pada variabel hasil.