Analisis keragaman dna tanaman durian sukun (Durio zibethinus Murr.) Berdasarkan penanda RAPD

Oleh :
Ismi Puji Ruwaida - S610907004 - Sekolah Pascasarjana

Abstrak Durian (Durio zibenthinus Murr.) merupakan buah-buahan tropis dari Asia Tenggara. Beberapa genotipe durian lokal telah dilepas menjadi varietas unggul, yaitu durian sukun, sunan, kani, monthong dan petruk, namun sampai saat ini belum diketahui keragaman DNA. Alternatif untuk mengkaji keragaman DNA durian adalah dengan menggunakan penanda RAPD. Tujuan penelitian adalah mengkaji keragaman DNA pada varietas durian sukun, sunan, kani, monthong, dan petruk serta mengkaji keragaman DNA durian sukun yang ditanam pada wilayah yang berbeda berdasarkan penanda RAPD. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan di Yogyakarta mulai bulan November 2008 sampai bulan Januari 2009. Bahan penelitian analisis keragaman DNA antar varietas durian adalah daun tanaman durian sukun, sunan, kani, monthong dan petruk yang ada di kebun benih Ranukutri Karanganyar. Bahan penelitian analisis keragaman DNA durian sukun pada wilayah penanaman berbeda adalah daun tanaman durian sukun dari Gempolan Karanganyar, durian sukun dari Kebun Benih Ranukutri Karanganyar, durian sukun dari Jepara dan durian sukun dari Salatiga. Selanjutnya dilakakukan analisis DNA terhadap sampel daun yang diawali dengan isolasi DNA, uji kuantitas dan kualitas DNA, seleksi primer, dan amplifikasi dengan PCR. Visualisasi hasil PCR dilakukan dengan elektroforesis menggunakan etidium bromide yang menghasilkan pita DNA. Pita DNA selanjutnya dianalisis dengan program NTSYS untuk mendapatkan keragaman DNA antar varietas durian dan keragaman DNA durian sukun pada wilayah penanaman berbeda. Seleksi primer menghasilkan 6 primer polimorfik yang digunakan, yaitu primer OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18 dan OPA-19. Pola pita DNA hasil amplifikasi menunjukkan adanya keragaman antar varietas durian sukun, sunan, kani, monthong dan petruk serta menunjukkan keragaman durian sukun yang ditanam di wilayah yang berbeda. Dendrogram pengelompokkan pada lima varietas durian cenderung memisah, yaitu durian sukun, sunan, monthong dan petruk merupakan satu kelompok yang memisah dengan durian kani. Dendrogram pengelompokkan durian sukun yang ditanam pada wilayah berbeda menghasilkan dua kelompok, yaitu kelompok I terdiri dari durian sukun dari Gempolan Karanganyar dan durian sukun dari Salatiga. Kelompok II terdiri dari durian sukun dari Kebun Benih Ranukutri Karanganyar dan durian sukun dari Jepara. Durio (Durio zibenthinus Murr.) is a tropical fruit from Southeast Asia. Several genotipes of durio have been released as the superior varieties, namely durio of sukun, sunan, kani, monthong and petruk that its need study about their DNA variability. An alternative way to study the DNA variability of durio is by using RAPD markers. The aim of research is to study the DNA variability durio of sukun, sunan, kani, monthong, petruk and to study the DNA variability of sukun durio in different areas planted based on RAPD markers. The research has conducted in Biotechnology Laboratory in Yogyakarta on November 2008 until January 2009. Material of this research is leaves of sukun, sunan, kani, monthong and petruk durio from Ranukutri seed garden, Karanganyar. The material of DNA variability of sukun durio in different areas planted is leaves of sukun durio from Gempolan, Karanganyar, sukun durio from seed garden Ranukutri, Karanganyar, sukun durio from Jepara dan durio of sukun from Salatiga. DNA analysis of leaves sample is begin DNA isolation, quantity and quality test of DNA, primer selected, and amplification with PCR. Then, electroforesis stage for visualitation of PCR product with etidium bromide. Software of NTSYS is used to analyzed a DNA band for DNA variability of durio. The result of primer selected is six primer used in this research, that is OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18 and OPA-19 primers. Amplification product is a DNA band show that DNA variability of sukun, sunan, kani, monthong and petruk durio and show DNA variability of sukun durio in different areas planted. Clustering dendrogram of five durio varieties based on DNA band with 6 primer is separate inclined. The first group consisted of sunan, monthong, petruk and sukun durio, that separate from durio of kani. Clustering of sukun durio into two groups. The first group consisted of sukun durio from Gempolan, Karanganyar and sukun durio from Salatiga, while the second group consisted of sukun durio from Ranukutri seed garden Karanganyar and the one from Jepara.