Stabilitas Konformasi Quadruple Mutan P53 M133l/V203a/N239y/N268d dan Pengaruh Prima-1 terhadap Wild Type P53

Oleh :
Anita Kusuma Dewi - M0303018 - Fak. MIPA

Quadruple mutan p53 M133L/V203A/N239Y/N268D mampu meningkatkan stabilitas termodinamika ikatan residu-residu yang mengalami mutasi [Joerger, A. C., Allen, M.D., and Fersht, A. R., 2004, J. Biochem., 279: pp. 1291-1296]. Selain itu, struktur kristalografi sinar-x quadruple mutan ini mirip dengan struktur wild type p53 ( kode PDB : wt-p53). Kemiripan struktur ini melandasi studi dinamika konformasinya. Studi tersebut telah dilakukan dengan menggunakan simulasi dinamika molekuler. Dinamika konformasi quadruple mutan (kode PDB : QMT) mengungkap adanya pergeseran struktur yang ditunjukkan oleh perubahan nilai RMSD selama simulasi 5ns berlangsung. Pergeseran ini terutama disebabkan oleh fluktuasi pada loop L2 dan loop S7-S8. Fluktuasi pada loop S7-S8 lebih signifikan dibanding dengan loop L2. Selain itu, dinamika konformasi residu-residu penting p53 untuk berikatan dengan DNA (yaitu lysin 120 dan arginin 248) tidak dapat membedakan quadruple mutan dan wild type p53. Simulasi dinamika molekuler ini juga dapat menunjukkan pengaruh PRIMA-1 terhadap wild type p53. Berdasarkan hasil dockingnya, PRIMA-1 tidak cukup spesifik berinteraksi pada wild type p53. PRIMA-1 cukup stabil menempel pada wild type p53 di area ß-sandwich. Keberadaan PRIMA-1 memberikan dinamika konformasi yang berbeda antara wild type p53 kompleks dan tunggalnya. Perbedaannya terletak pada residu histidin 116, glysin 245, dan arginin 248. Menariknya lagi residu 186 yang terletak jauh dari penempelan PRIMA-1juga mengalami pergeseran. Kata kunci : dinamika molekul, mutan p53 QMT, PRIMA-1.