Diversitas Genetik Intra dan Inter Sapi Lokal Indonesia Berdasarkan Penanda Molekuler Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)

Oleh :
Supriadi - S90080901 - Sekolah Pascasarjana

ABSTRAK Produksi daging sapi Indonesia perlu ditingkatkan guna mendukung konsumsi daging dalam negeri yang masih rendah. Salah satu solusi meningkatkan produksi sapi pedaging lokal baik kualitas maupun kuantitasnya dapat ditempuh dengan seleksi buatan dan perkawinan silang. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui diversitas genetik intra dan inter sapi lokal Indonesia dengan penanda molekuler RAPD. Pengambilan sampel darah individu sapi secara venepuncture, sapi Sumbawa di Kecamatan Maronge, sapi Lombok di Pagutan Barat Kecamatan Mataram, sapi Madura di Kabupaten Sampang Madura, sapi Aceh di Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) Nanggroe Aceh Darussalam sedangkan sapi PO di Wonogiri Jawa Tengah. Primer yang digunakan dalam proses RAPD ini yakni ILO1212 dan OPF 05. Analisis data menggunakan program POPGENE versi 1.31, dengan mengamati diversitas genetik berdasarkan Shannon’s information index. Jarak kekerabatan genetik sapi lokal diamati berdasarkan clustering model Sahn, dalam program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS) versi 2.02 menggunakan metode Unweight Pair Group Method Arithmetic (UPGMA). Frekuensi gen yang tertinggi dan terendah pada ke-lima populasi berdasarkan alel pada lokus ILO1212-7 (0.8425 – 0.1575), tidak terdapat lokus monomorfik. Diversitas genetik intra populasi sapi lokal Indonesia berdasarkan Shannon’s information index yakni 0.6050 untuk sapi Sumbawa, 0.6023 sapi Lombok, 0.5094 sapi PO, 0.4972 sapi Madura dan 0.2911 untuk sapi Aceh. Sapi Sumbawa memiliki diversitas tinggi dibandingkan dengan populasi sapi lainnya. Rata-rata Shannon’s information index intra spesies sebesar 0.5010, dan rata-rata inter spesies sebesar 0.5407, diversitas genetik inter spesies lebih besar dibandingkan intra spesies. Berdasarkan lima populasi sapi lokal Indonesia terbentuk tiga cluster (kelompok) yakni cluster 1 terdiri dari sapi Lombok dan Aceh serta Sumbawa, cluster 2 adalah sapi PO dan cluster ke-3 yakni sapi Madura. Kata kunci : Sapi lokal Indonesia, penanda molekuler RAPD, diversitas genetik.