Studi qm/mm-md tentang pengaruh MIRA-3 terhadap struktur mutan onkogen Y220C pada p53

Oleh :
Intyastiwi Pinilih - M0306039 - Fak. MIPA

Mutasi pada p53 selain menyebabkan protein ini kehilangan fungsinya juga dapat memunculkan sifat onkogen. Salah satu mutasi p53 yang bersifat onkogen terjadi pada residu 220 dimana residu tirosin termutasi menjadi sistein (Y220C). Hasil teoritis dan eksperimen menunjukkan bahwa PRIMA-1 (p53 Reactivation and Induction of Massive Apoptosis) berikatan kovalen dengan sistein untuk mengembalikan fungsi p53. Ligan yang memiliki gugus pendonor elektron seperti MIRA-3 (Mutant p53-dependent Induction of Rapid Apoptosis 3) diharapkan mempunyai mekanisme reaksi yang serupa. Oleh karena itu untuk mempelajari mekanisme ini, kami telah melakukan simulasi selama 45 ns yang terdiri dari metode MM-MD dan QM/MM-MD hibrid serta simulasi mutan p53-Y220C masing-masing 15 ns. Hasil menunjukkan bahwa posisi MIRA-3 dengan metode MM-MD, stabil pada lekukan p53-Y220C. Sementara itu, hasil dari metode QM/MM-MD menunjukkan bahwa posisi MIRA-3 lebih bebas berinteraksi dengan lekukan mutasi. Perbedaan hasil pada kedua kompleks yang sejenis menunjukkan bahwa perubahan densitas elektron penting untuk mengetahui pengaruh MIRA-3 terhadap p53-Y220C.