Studi Interaksi P53(Sistein220) dengan Mira-3 pada Berbagai Konformasi Melalui Pendekatan Mekanika Kuantum

Oleh :
Nuryana - M0307060 - Fak. MIPA

ABSTRAK Pembentukan adduct antara MIRA-3 dan gugus tiol sistein diyakini dapat mengembalikan konformasi mutan p53 menyerupai wild-type. Penelitian ini dilakukan untuk menjelaskan kemungkinan pembentukan adduct antara MIRA-3 dan gugus tiol sistein 220 dengan melalui metode mekanika kuantum. Distribusi elektronik yang berperan dalam pembentukan ikatan dapat dihitung dengan baik melalui metode ini. Pembentukan adduct dipengaruhi oleh konformasi protein yang dapat digambarkan sebagai polarisasi dari MIRA-3. Polarisasi tersebut dapat dihitung melalui perhitungan populasi elektronik Natural Bond Orbital (NBO) dengan level teori HF dan basis set 6-31G*. Konformasi protein pada penelitian ini diperoleh melalui perwakilan struktur dari simulasi dinamika molekuler kompleks p53-Y220C:MIRA-3. Struktur tersebut dipilih dengan melalui metode clustering trajectory. Hasil penelitian menunjukkan konformasi representatif dari protein lebih memungkinkan untuk membentuk adduct pada karbonil dari gugus asetat. Akan tetapi jarak yang jauh dan adanya halangan sterik menyebabkan donasi lone pair dari gugus tiol sulit terjadi untuk membentuk suatu adduct. Kata kunci : MIRA-3, adduct, clustering trajectory, NBO