Analisis Bakteri Rizosfer Tanpa Pengkulturan Dengan Pcr-Risa: Hubungannya Dengan Kesupresifan Tanah Terhadap Busuk Pangkal Bawang Putih

Oleh :
Fitha Septi Haryati - H0708101 - Fak. Pertanian

Bawang putih (Allium sativum L) merupakan salah satu jenis sayuran yang penting dan sebagai salah satu sumber pertumbuhan ekonomi dalam pembangunan pertanian. Tawangmangu merupakan salah satu daerah di Jawa Tengah yang komoditas unggulannya bawang putih. Budidaya bawang putih di Tawangmangu akhir-akhir ini mengalami kendala yaitu serangan patogen penyebab penyakit busuk pangkal bawang putih Fusarium oxysporum f.sp. cepae. Di lapangan, sebagian lahan ada yang memiliki insidens penyakit sangat ringan (lahan supresif) dan adapula yang berat (lahan kondusif). Salah satu mekanisme kesupresifan tanah yaitu keterlibatan agens pengendali hayati. Perlu informasi dasar tentang hubungan struktur komunitas mikrob dengan kesupresifan tanah. Polymerase chain reaction - Ribosomal intergenic spacer analysis (PCR-RISA) merupakan salah satu teknik molekuler tanpa pengkulturan yang dapat diandalkan untuk studi struktur komunitas mikrob pada habitat tertentu. Salah satu aspek penting yang perlu dipelajari adalah bagaimana hubungan struktur komunitas bakteri rizosfer dengan kesupresifan tanah terhadap busuk pangkal bawang putih Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari struktur komunitas bakteri rizosfer bawang putih tanpa pengkulturan dengan PCR-RISA dan hubungan struktur komunitas bakteri rizosfer dengan kesupresifan tanah terhadap busuk pangkal bawang putih. Penelitian dilaksanakan mulai Oktober 2011 sampai September 2012 di Tawangmangu, Surakarta dan Yogyakarta. Penentuan sampel dengan metode purposive sampling. Sampel yang diambil adalah rizosfer tanaman sehat dan sakit. Sampel yang telah diambil kemudian diekstraksi menggunakan DNAMITE® kit. Hasil ekstraksi dianalisis dengan PCR-RISA kemudian divisualisasi menggunakan agarose gel dan PAGE 12%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ada perbedaan komunitas bakteri rizosfer pada tanah supresif dan kondusif, baik tanaman yang sehat maupun tanaman yang sakit. Berdasarkan analisis UPGMA menunjukkan bahwa nilai koefisien kesamaan genetik dari komunitas bakteri rizosfer tanah supresif dan kondusif adalah 62%. Pada tanah supresif, meskipun keragaman komunitas bakteri rizosfer lebih rendah, tetapi diduga mampu berperan sebagai agens pengendali hayati busuk pangkal bawang putih dibandingkan tanah kondusif. Garlic (Allium sativum L) is one of the important vegetables commodity and as a source of economic growth in agricultural development. Tawangmangu is one of the certain area of garlic in Central Java beside of as an important commodity in the area. Cultivation of garlic in the area recently experienced problems caused by Fusarium oxysporum f.sp. cepae causing basal rot disease. In the field, there are some land has mild disease incidence (land suppressive) and those that are heavy (land conducive). One of the mechanisms of soil suppressiveness is the involvement of soil biological control agent. The basic information about the relationship of microbial community structure to soil suppressiveness is needed. Polymerase chain reaction - Ribosomal intergenic spacer analysis (PCR-RISA) is one of the analysis tool through independent culturable approach to study bacterial community structure. The research was purposed to study rhizosphere bacterial community structure of garlic independent culture by PCR-RISA and the relationship of rhizosphere bacterial community structure to soil suppressiveness. The research was held from October 2011 to September 2012 in Tawangmangu, Surakarta and Yogyakarta. Sampels were determined with purposive sampling. The samples are diseased and healthy plant rhizosphere growing on suppressive and conducive land. Samples have been taken then extracted using DNAMITE® kit. The results of the PCR-RISA were visualized by agarose gel and PAGE 12%. The results showed that there were differences of bacterial community in the garlic rhizosphere on suppressive soil to conducive soil healthy plants to diseased plants. Based on UPGMA analysis there are differences grouping between samples from suppressive to conducive soil. In suppressive soil, despite the diversity of the rhizosphere bacterial community is lower, but is thought to be able to act as a biological control agent basal rot garlic than conducive soil.