Kloning Dan Analisis Molekuler Gen Penyandi Protein Ns4b Virus Hepatitis C 1a (Hcv 1a) Isolat Jawa Tengah

Oleh :
Faqihuddin Ahmad - G0007068 - Fak. Kedokteran

Latar belakang : HCV diketahui sebagai penyebab utama penyakit hepar di seluruh dunia. Prevalensi HCV dunia mencapai 3 % yang berarti 170 juta penduduk dunia terinfeksi aktif HCV. Untuk mendukung penelitian lanjutan HCV, maka diperlukan kloning dan analisis molekuler masing-masing gen. Salah satu gen yang memiliki peran penting dalam replikasi HCV adalah NS4B. Tujuan Penelitian : Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan klon gen NS4B (plasmid pET-HCV 1a NS4B) dan analisis molekuler gen penyandi NS4B virus hepatitis C 1a isolat Jawa Tengah. Metode Penelitian : Isolat yang digunakan adalah isolat 09IDSKAC-20. RNA HCV dipurifikasi dari aliquot plasma dan selanjutnya dilakukan sintesis cDNA. Gen NS4B diamplifikasi dan diinsersikan ke plasmid vektor pETBlue-1. Plasmid rekombinan ditransformasikan ke dalam sel kompeten. Plasmid diekstrak kemudian disekuensing. Hasil sekuensing disejajarkan dan dianalisis bersama seluruh sekuens HCV 1a yang dilaporkan di GenBank dengan ClustalW. Analisis molekuler menggunakan MEGA4. Hasil Penelitian : Hasil analisis molekuler menunjukkan beberapa variasi aa. Pada N Terminal Domain (NTD) didapatkan variasi Q26(H/R), L25M dan L46(I/F/V). Motif NBM pada Transmembran Domain (TMD) diusulkan sebagai XXXXLXK. Sedangkan pada C Terminal Domain (CTD) didapatkan variasi C257(S/Y/T). Konsensus sekuens H2 pada CTD diusulkan sebagai ILXXLTXTQ LXXRXHXWX serta motif tempat palmitoylation NS4B HCV 1a sebagai XXXPC. Simpulan Penelitian : Isolat 09IDSKAC-20 memiliki sekuens NS4B yang konsisten dengan laporan sebelumnya. Hasil penyejajaran seluruh sekuens HCV 1a yang dilaporkan di GenBank menunjukkan terdapat beberapa variasi pada beberapa motif yang sebelumnya dianggap terkonservasi sempurna. Implikasi dari variasi tersebut masih belum diketahui dan memerlukan penelitian lebih lanjut