Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya : (1) Perbedaan pengaruh antara penggunaan metode eksperimen melalui pendekatan Guided Inquiry dan Modified Inquiry terhadap kemampuan kognitif mahasiswa. (2) Perbedaan pengaruh antara kemampuan psikomotorik kategori tinggi dan kemampuam psikomotorik kategori rendah terhadap kemampuan kognitif mahasiswa. (3) Interaksi pengaruh antara penggunaan metode eksperimen melalui pendekatan inquiry dengan kemampuan psikomotorik terhadap kemampuan kognitif mahasiswa. Peneltian ini menggunakan metode eksperimen dengan desain factorial 2X2. Populasi penelitian adalah seluruh mahasiswa semester dua jurusan P.MIPA tahun ajaran 2004/2005 yang terdiri dari empat program studi yaitu: Program Fisika, Program Biologi, Program Kimia, dan Program Matematika. Teknik pengambilan sampel yang digunakan adalah teknik random sampling. Mahasiswa Program fisika sebagai kelompok eksperimen dan mahasiswa Program Kimia sebagai kelompok kontrol. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah Observasi untuk data kemampuan psikomotorik, teknik dokumentasi untuk data kemampuan awal serta teknik tes untuk data kemampuan kognitif mahasiswa. Teknik analisis data yang digunakan adalah Analisis Variansi dua jalan dengan frekuensi isi sel tak sama dan dilanjutkan dengan Uji Lanjut Analisis Variansi menggunakan komparasi Metode Scheffe. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa: (1) Ada perbedaan pengaruh antara penggunaan metode eksperimen melalui pendekatan guided inquiry dan modified inquiry terhadap kemampuan kognitif mahasiswa pada pokok bahasan Transformator (FA= 4,5773>F0,05;1;83= 3,957). Dari uji lanjut anava diketahui bahwa metode eksperimen dengan pendekatan guided inquiry lebih baik dibandingkan metode eksperimen dengan pendekatan modified inquiry. (2) Ada perbedaan pengaruh antara kemampuan psikomotorik kategori tinggi dan kemampuan psikomotorik rendah terhadap kemampuan kognitif mahasiswa pada pokok bahasan transformator (FA= 24,4242>F0,05;1;83= 3,957). Dari uji lanjut anava diketahui bahwa mahasiswa dengan kemampuan psikomotorik tinggi akan memiliki kemampuan kognitif yang lebih baik dibanding dengan mahasiswa dengan kemampuan psikomotorik rendah. (3) Tidak ada interaksi pengaruh antara penggunaan metode eksperimen melalui pendekatan inquiry dengan kemampuan psikomotorik terhadap kemampuan kognitif mahasiswa pada pokok bahasan transformator (FAB= 0,0201