Abstrak


Identifikasi Dan Karakterisasi Gen Ina Bakteri Ice Nucleation Active Yang Diisolasi Dari Lichenes Di Jalur Pendakian Cemara Sewu Gunung Lawu


Oleh :
Teguh Nur Arifin - M.0410060 - Fak. MIPA

Bakteri ice nucleation active (INA) merupakan bakteri yang dapat mengkatalisis pembentukan es. Bakteri ini dapat menyebabkan frost injury pada tanaman. Selain itu bakteri INA juga berperan dalam atmosfer yang menyebabkan turunnya hujan. Sebagian besar penelitian tentang bakteri INA dilakukan di daerah subtropis. Oleh karena itu penelitian tentang bakteri INA dari daerah tropis, khususnya Indonesia sangat perlu dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies bakteri INA yang ditemukan pada lichenes di jalur pendakian Cemara Sewu Gunung Lawu berdasarkan hasil identifikasi dengan gen 16S rRNA dan mengetahui karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri INA pada lichenes di jalur pendakian Cemara Sewu Gunung Lawu dengan menggunakan primer gen ina. Isolat bakteri INA yang telah ada ditumbuhkan ulang dan dilakukan isolasi DNA. Gen penyandi 16S rRNA dan gen ina di amplifikasi dengan metode PCR. Produk PCR dielektroforesis untuk mengetahui besar produk PCR dan selanjutnya disekuensing. Hasil sekuens dianalisis dengan program BLAST untuk diketahui tingkat kemiripan bakteri dengan database yang ada pada NCBI serta karakter gen ina yang ditemukan. Berdasarkan hasil analisis sekuensing gen 16S rRNA, diketahui bahwa isolat bakteri yang ada memiliki similaritas dengan Pantoea, Pseudomonas, dan Rahnella. Pantoea dan Pseudomonas merupakan genus bakteri yang umum dapat menginisiasi pembentukan es. Gen ina yang didapat memiliki kemiripan sebesar 86% dengan gen pengkode protein inti es pada Pseudomonas borealis, terdiri atas 189 asam amino, didominasi oleh asam amino yang umum ditemukan pada gen ina lainnya, yaitu Alanine, Glycine, Tyrosine, Serine, Threonine dan Leucine, tidak dijumpai ujung N dan ujung C karena pengurutan asam amino gen ina isolat N.2.1.B-13 dengan gen ina P. borealis menunjukkan kesesuaian pada basa ke 2947 hingga 3491 bp atau dari asam amino ke 871 sampai asam amino ke 1060.