Abstrak


Identifikasi Senyawa Herbal Penghambat Thymidylate Synthase Lebih Poten dari 5-Fluorouracil Menggunakan Berbagai Metode Molecular Docking


Oleh :
Yoga Mulia Pratama - G.0011213 - Fak. Kedokteran

Latar Belakang: Pengembangan obat antikanker baru yang selektif merupakan kebutuhan penting. Oleh karena itu dibutuhkan cara efektif untuk skrining senyawa berpotensi obat, yaitu menggunakan Molecular Docking atau in silico. Tujuan penelitian ini adalah melakukan identifikasi senyawa herbal penghambat Thymidylate Synthase (TS) yang lebih poten dari 5-Fluorouracil (5-FU) dan efektivitas metode Molecular Docking yang digunakan. Metode Penelitian: Sampel struktur tiga dimensi senyawa herbal dari database tanaman obat Indonesia (herbaldb.ui.ac.id) dan memenuhi kriteria Lipinski’s rule of five di-docking dengan struktur tiga dimensi protein TS menggunakan metode Molecular Docking AutoDock Vina, iGEMDOCK, dan MolDock. Hasil akhir konformasi kemudian divisualisasi menggunakan PyMOL, dianalisis efektivitas program docking serta farmakokinetik dan farmakodinamiknya secara in silico. Hasil Penelitian: Dari hasil docking diketahui lima senyawa herbal memiliki skor docking lebih rendah dari fluorodeoxyuridine monophosphate (fdUMP) (AutoDock Vina = -8,4, iGEMDOCK = -134,5, MolDock = -44,17) pada semua program Molecular Docking, yaitu lobeline hydrochloride (AutoDock Vina = -9, iGEMDOCK = -134,7, MolDock = -55,59), luteolin (AutoDock Vina = -9, iGEMDOCK = -134,9, MolDock = -44,2), chitranone (AutoDock Vina = -10,9, iGEMDOCK = -137,9, MolDock = -47,5), folic acid (AutoDock Vina = -9,4, iGEMDOCK = -196,4, MolDock = -62,9), dan quercetin (AutoDock Vina = -8,7, iGEMDOCK = -135,6, MolDock = -47,6). Senyawa tersebut memiliki afinitas lebih tinggi daripada fdUMP dan dapat membentuk kompleks yang lebih stabil pada protein TS. Hasil visualisasi kompleks protein-ligan menunjukkan bahwa kelima senyawa tersebut memiliki binding site yang sama dengan fdUMP. Akurasi rata-rata dari program iGEMDOCK, MolDock dan AutoDock Vina yaitu 0,89, 0,92, dan 0,93 secara berurutan. Dari hasil analisis in silico didapatkan senyawa chitranone memiliki farmakokinetik dan farmakodinamik yang baik sebagai obat. Simpulan Penelitian: Chitranone lebih poten dari 5-FU sebagai penghambat TS dari studi in silico. iGEMDOCK merupakan metode Molecular Docking yang paling efektif pada kasus dalam penelitian ini. Kata kunci: 5-Fluorouracil, Molecular Docking, senyawa herbal, Thymidylate Synthase