ABSTRAK
Latar Belakang: Komplikasi aterosklerosis pada sistem kardiovaskuler merupakan salah satu masalah medis terbesar saat ini dan terapi definitifnya belum ditemukan. Trimetilamin-N-Oksida (TMAO), produk katalisis enzim flavin-containing monooxydase (FMO) 3, diketahui sebagai faktor prediktif terjadinya aterosklerosis pada manusia. Hambatan pada enzim FMO3, yang menurunkan TMAO, memiliki potensi untuk menjadi terapi preventif ateroskerosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi inhibitor FMO3 dari herbal Indonesia dengan pendekatan molecular docking.
Metode: Penelitian ini adalah penelitian observasional bioinformatik. Sampel penelitian adalah seluruh senyawa fitokimia di HerbalDB yang memiliki kode akses PubChem dan memenuhi kriteria Lipinski’s rule of five. Model human FMO3 (hFMO3) dibangun dengan dua pendekatan: SWISS-MODEL dan Structuropedia, lalu hasilnya dibandingkan. Senyawa standar yang digunakan adalah methimazole yang diperoleh dari PubChem (CID 1349907). Molecular docking antara senyawa fitokimia dengan model hFMO3 dilakukan dengan AutodockVina 1.1.2. Visualisasi hasil docking dilakukan dengan Pymol 1.7 dan Chimera 1.9. Kandidat inhibitor hFMO3 dianalisis berdasarkan afinitas ikatan, konformasi, dan kriteria Lipinski’s rule of five yang dibandingkan methimazole.
Hasil: Methimazole berikatan pada model hFMO3 di Asn-194 dengan rerata afinitas ikatan -3,8 kkal/mol. Terdapat 512 dari 517 sampel yang memiliki afinitas ikatan pada yang lebih rendah dari methimazole. Lima senyawa yang diprediksi dapat menjadi kandidat inhibitor hFMO3 adalah dictamine, xylopine, brucine, dan guaiol. Dictamine dan xylopine memiliki karakteristik drug like property yang paling baik dan berinteraksi pada binding site yang sama dengan methimazole dengan energi yang lebih rendah.
Simpulan: Dictamine dan xylopine diprediksi dapat menjadi kandidat inhibitor hFMO3 yang lebih poten dari methimazole.
