Abstrak


Analisis Keragaman Genetik Polimorfisme rs16763148 pada Kromosom Z Ayam Kampung dan Cemani


Oleh :
Dedi Setiawan - H0517026 - Fak. Pertanian

Tujuan dilaksanakan penelitian ini adalah untuk melakukan analisis variasi genetik penanda SNP rs16763148 sebagai marker sifat produksi pada ayam Kampung dan Cemani. Sebanyak 15 sampel darah ayam Kampung dan 10 sampel darah ayam Cemani digunakan dalam penelitian ini. Penelitian dilaksanakan pada bulan Juni 2021 sampai dengan bulan Agustus 2021. Preparasi sampel, ekstraksi DNA, proses PCR, dan analisis dengan UV Transiluminator dilakukan di Laboratorium Produksi Ternak, Program Studi Peternakan, Fakultas Pertanian, Universitas Sebelas Maret, Surakarta. Amplifikasi DNA penanda SNP rs16763148 menggunakan pasangan primer forward 5´-AAGCGGATTCCATACTCTTTGA-3´ dan primer reverse 5´-TTCCAGTTGATCTTTGTGTTGAA-3´ dengan ukuran produk 1175 base pair (bp), kemudian dilakukan sequencing DNA dan didigesti menggunakan enzim restriksi EcoRI pada situs pemotongan 5´-G|AATTC-3´. Variasi alel yang ditemukan yaitu alel A dan G dengan variasi genotip AA (563 bp, 398 bp, dan 214 bp), AG (777 bp, 563 bp, 398 bp, dan 214 bp) dan GG (777 bp dan 398 bp). Frekuensi alel A dan G pada ayam Kampung yaitu 0,9 dan 0,1 dengan frekuensi genotip AA (0,866), AG (0,066), dan GG (0,066). Frekuesi alel A dan G pada ayam Cemani yaitu 0,7 dan 0,3 dengan frekuensi genotipe AA (0,6), AG (0,2), dan GG (0,2). Analisis kesetimbangan Hardy-Weinberg menggunakan chi-square menunjukkan bahwa populasi ayam Kampung dan Cemani dalam keadaan setimbang (P>0.05). Variasi genotip pada ayam Kampung dan Cemani menggunakan penanda SNP rs16763148 dapat diteliti lebih lanjut sebagai dasar seleksi sifat tertentu pada ayam Kampung dan Cemani.
Kata kunci: ayam Kampung, ayam Cemani, SNP rs16763148, variasi alel dan genotip