Kasus COVID-19 di Indonesia merupakan yang tertinggi di Asia Tenggara (07/01/2022). Langkah awal untuk mengatasi pandemi adalah melakukan surveilans genom SARS-CoV-2 yang tengah bersirkulasi di masyarakat. Deteksi komunitas bakteri pada pasien COVID-19 melalui analisis gen 16S rRNA bersifat penting karena kasus infeksi bakteri berpotensi memperburuk manifestasi klinis, utamanya pada pasien berusia menengah dan lanjut (? 40 tahun). Riset ini bertujuan untuk melakukan identifikasi variasi genetik SARS-CoV-2, analisis gen 16S rRNA, serta mengetahui asosiasi antara variasi genetik virus dan komunitas bakteri dengan profil pasien dan kasus persebaran cepat COVID-19 pada sampel klinis pasien usia menengah dan lanjut.

Materi yang digunakan mencakup sampel untuk analisis Whole Genome Sequencing (WGS) varian SARS-CoV-2 dan sampel untuk analisis gen 16S rRNA. Sampel klinis merupakan hasil swab naso/orofaring dari tiga institusi kesehatan di Jawa Barat. (1) RNA pada sampel diekstraksi lalu preparasi pustaka genom didasarkan pada protokol ARTIC Network. Sekuensing dilakukan dengan platform Nanopore untuk analisis variasi genetik SARS-CoV-2. (2) Ekstraksi DNA bakteri dari sampel dilanjutkan dengan amplifikasi region V1-V9 gen 16S rRNA, preparasi pustaka 16S, lalu dilakukan sekuensing dengan platform Nanopore untuk analisis gen 16S rRNA. Analisis data (1) variasi genetik virus dilakukan dengan MinKNOW dan IQ-TREE; (2) komunitas bakteri menggunakan EPI2ME dan MicrobiomeAnalyst.

Ditemukan variasi genetik pada populasi sampel WGS Analisis metagenomeSeq menemukan delapan spesies sebagai kelimpahan diferensial, yakni. Berdasarkan hasil analisis frekuensi lineage SARS-CoV-2, frekuensi mutasi, dan dendrogram engan usia, jenis kelamin pasien, dan status kasus persebaran cepat COVID-19. Asosiasi antara kelimpahan relatif, diversitas alfa, diversitas beta, mikrobioma inti, analisis heatmap, dan analisis LEfSe komunitas bakteri terhadap usia dan jenis kelamin pasien, serta status kasus persebaran cepat COVID-19. Lineage AY.23 (VoC delta) merupakan lineage dengan Jawa Barat pada gelombang kedua COVID-19 di Indonesia yang relevan dengan infeksi global SARS-CoV-2 pada masa tersebut sehingga temuan ini kembali menegaskan urgensi surveilans genom SARS-CoV-2 di masyarakat. Beragamnya hasil analisis komunitas bakteri menunjukkan tingginya keragaman profil komunitas bakteri pasien COVID-19. Deteksi komunitas bakteri tetap bersifat penting pada riset lanjutan dengan populasi pasien dan metadata yang lebih lengkap.