Besengek tempe benguk merupakan pangan tradisional khas Kulon Progo yang memiliki potensi nilai gizi dan fungsional, namun memiliki umur simpan yang relatif singkat karena kandungan air dan lemak yang tinggi dari penggunaan santan. Kondisi tersebut menyebabkan produk rentan mengalami kerusakan akibat pertumbuhan mikroorganisme dan oksidasi lemak, sehingga distribusinya menjadi terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh jenis kemasan dan metode penyimpanan terhadap umur simpan besengek tempe benguk serta menentukan kombinasi perlakuan terbaik dalam mempertahankan mutu produk selama penyimpanan. Penelitian menggunakan metode Extended Storage Studies (ESS) dengan tiga jenis kemasan, yaitu polypropylene (PP), Nylon/PE, dan aluminium foil, yang seluruhnya dikemas secara vakum, dengan tiga metode penyimpanan, yaitu suhu ruang (23°C), chiller (4°C), dan freezer (-7°C). Parameter yang diamati meliputi Angka Lempeng Total (ALT), Angka Kapang dan Khamir (AKK), kadar air, pH, bilangan peroksida, serta bakteri asam laktat (BAL). Data dianalisis untuk mengetahui pengaruh perlakuan terhadap mutu produk dan menentukan kombinasi perlakuan terbaik berdasarkan nilai Estimated Marginal Means (EMM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode penyimpanan memberikan pengaruh yang lebih besar dibandingkan jenis kemasan terhadap mutu mikrobiologis besengek tempe benguk (p<0,05). Analisis EMM menunjukkan bahwa penyimpanan suhu beku menghasilkan nilai ALT terendah pada kemasan aluminium foil (4,357 log CFU/g) dan nilai AKK terendah pada kemasan Nylon/PE (1,674 log CFU/g). Berdasarkan Indeks Efektivitas De Garmo, kombinasi suhu beku dan kemasan Nylon/PE merupakan perlakuan optimum (0,992) dengan estimasi umur simpan kurang dari 21 hari dan hasil indikator pendukung kadar air (56,48%), Nilai PV (7,4 Meq O2/kg) dan pH (5,96). Sehingga, dapat diketahui bahwa penggunaan kemasan dengan sifat penghalang yang baik disertai penyimpanan pada suhu beku efektif dalam mempertahankan mutu dan memperpanjang umur simpan besengek tempe benguk.