Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengetahui pembelajaran yang sudah berdasarkan nilai-nilai toleransi yang sudah diterapkan di lingkungan SMK Negeri Kabupaten pati; 2) mengetahui nilai-nilai toleransi yang diterapkan peserta didik dalam lingkungan SMK Negeri Kabupaten Pati; 3) mengetahui pengembangan E-Modul PAI untuk meningkatkan nilai-nilai toleransi peserta didik SMK Negeri Kabupaten Pati; 4) mengetahui kelayakan E-Modul PAI untuk meningkatkan nilai-nilai toleransi peserta didik SMK Negeri Kabupaten Pati.

Penelitian pengembangan E-Modul PAI ini menggunakan prosedur ADDIE yang dimodifikasi terdiri dari tahap penelitian pendahuluan (analisis), perencanaan (desain), pengembangan, uji coba (implementasi), dan analisis kelayakan (evaluasi). Analisis data yang digunakan dalam pengembangan ini yaitu analisis deskriptif, untuk analisis kelayakan modul berdasarkan skor kriteria.

Hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa: 1) pembelajaran masih menggunakan metode ceramah dan diskusi, belum menggunakan modul apapun. 2) penerapan nilai-nilai toleransi dalam lingkungan sekolah sudah baik, namun perlu adanya peningkatan nilai tersebut agar lebih mendalam nilai-nilai toleransi peserta didik di lingkungan sekolah. 3) pengembangan E-modul PAI materi toleransi dengan menggunakan articulate storyline untuk peserta didik kelas XI yang berupa media belajar interaktif, dan produk tersebut didesain dengan menggunakan pendekatan saintifik yang mampu memenuhi komponen sebagai media pembelajaran yang baik. 4) kelayakan E-Modul PAI materi toleransi termasuk kategori sangat baik, ditinjau dari kualitas isi materi, relevansi, kesesuaian dalam inkuiri terbimbing, kualitas penyajian, penggunaan ilustrasi, bahan penunjang, dan tampilan umum.