Temu hitam dan temu putih tergolong salah satu Genus Curcuma yang banyak tersebar di Pulau Jawa, dan banyak dimanfaatkan sebagai obat oleh masyarakat Indonesia. Temu hitam dan temu putih memiliki kemiripan secara morfologi, khususnya pada bagian daun dan rimpangnya. Persamaan dari daun dan rimpang membuat beberapa masyarakat sulit membedakan antara temu hitam dan temu putih. Hal ini disebabkan kurangnya informasi keragaman genetik antara dua varietas tersebut, sehingga perlu dilakukan analisis morfologi, genetik, dan metabolit sekunder pada temu hitam dan temu putih untuk mengetahui perbedaan secara kesuluruhan pada temu hitam dan temu putih. Penelitian dilaksanakan di screenhouse Kelompok Wanita Tani Dahlia Pucangsawit untuk analisis morfologi, Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada Yogyakarta untuk analisis genetik, dan Laboratorium Vahana Scientific Kota Padang untuk analisis metabolit sekunder mulai Maret 2022 sampai Maret 2023. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman morfologi dan keragaman genetik dari temu hitam dan temu putih di Pulau Jawa tergolong sempit karena memiliki hubungan kekerabatan yang dekat. Hal ini terlihat pada nilai koefisien kemiripan yang tinggi pada analisis morfologi yaitu 0,64-0,91 dan analisis genetik yaitu 0,60-0,94 yang menunjukkan adanya kemiripan secara morfologi dan genetik antara temu hitam dan temu putih di Pulau Jawa. Penelitian mengenai metabolit sekunder menunjukkan adanya keragaman yang luas yang terlihat dari munculnya beragam senyawa mayor, dan terdapat senyawa mayor metabolit sekunder yang dimiliki temu hitam dan temu putih di Pulau Jawa yaitu beta tumerone.