Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi gen BMP15 exon 1 dan exon 2 untuk selanjutnya dilakukan proses analisis dan pembandingan dengan variasi SNP (Single Nucleotide Polymorphism) penelitian sebelumnya, sehingga dapat digunakan untuk mencari kemungkinan gen BMP15 sebagai marker genetik sifat reproduksi Sapi Bali. Penelitian dilaksanakan pada bulan Oktober 2022-April 2023. Keseluruhan tahap penelitian dilaksanakan di Laboratorium Produksi Ternak Program studi peternakan, Fakultas Pertanian, Universitas Sebelas Maret Surakarta. Amplifikasi DNA Sapi Bali gen BMP15 exon 1 menggunakan primer forward 5’CCTTGTCCCACCTGCTGTTTCT‘3 dan reverse 5’AGGTTCTCCCAAGGGTGTCAT ‘3, exon 2 menggunakan primer forward 5’TCCACCTAGGACTATGAGTGATCT‘3 dan reverse 5’GAGCCTGAGAGGAAAAACCCT ‘3. SNP pada gen BMP15 exon 1 terdapat 1 jenis variasi, sedangkan exon 2 menghasilkan 4 jenis variasi. SNP/mutasi pada exon 1 terjadi di sequence ke-300, pada exon 2 terjadi di sequence ke-446, ke-740, ke940 dan ke-1003. Analisis perbandingan dilakukan antara Bos javanicus (Sapi Bali) dengan Bos taurus. Hasil perbandingan tersebut adalah gen BMP15 exon 1 memiliki 3 sequence yang berbeda antara Bos taurus dengan Bos javanicus, sedangkan exon 2 menghasilkan 9 sequence yang berbeda. Kesimpulan dari penelitian ini adalah penggunaan Gen BMP15 exon 1 dan exon 2 sebagai marker genetik sifat reproduksi pada Sapi Bali jantan dan betina diperlukan penelitian lebih lanjut untuk proses asosiasi genetik dengan fenotip dikarenakan adanya variasi dan perbedaan sequence antara Bos taurus dengan Bos javanicus.