Pemakaian energi semakin kedepan semakin tinggi, beriringnya penambahan penduduk dan tingkat konsumsi energi, sehingga memberikan dampak negative bagi lingkungan. Perlu adanya diversifikasi energi terbarukan yang ramah lingkungan. Salah satunya yaitu biji rambutan yang potensial dimanfaatkan dari buah, daun, kulit rambutan, kulit batang, biji rambutan maupun akar rambutan. Namun, bijinya sering terabaikan dan menjadi limbah. Oleh karena itu untuk melestarikan plasma nutfah rambutan diperlukan teknologi modern yang bisa memberikan informasi secara cepat dan murah yaitu dengan pendekatan molekuler RAPD yang tidak dipengaruhi lingkungan dibandingkan dengan pendekatan morfologi. Tujuan penelitian adalah memperoleh keragaman pola pita DNA, pola pita DNA spesifik dan rendemen tertinggi dari keenam jenis rambutan yang berpotensi sebagai biodiesel. Metode yang digunakan dalam penelitian adalah menggunakan analisis molekuler secara RAPD dan analisis kadar lemak metode soxhlet. Hasil dari analisis molekuler DNA dengan metode RAPD menujukkan bahwa 5 primer yang digunakan (OPD 2, OPD 5, OPD 6, OPD 10 dan OPD 12) diperoleh pita DNA sebanyak 48 (42 pita polimorfik dan 6 pita monomorfik) yang mana pita-pita hasil amplifikasi tersebut dengan polimorfisme sebesar 86,24%. Analisis kekerabatan keenam sampel rambuatan oleh lima primer RAPD dengan nilai koefisien kemiripan antara 0,56-0,77 rambutan jenis Rapiah yang identik sama dengan Si Batuk Ganal berkerabat jauh dengan keempat rambutan lainnya. Hasil analisis kadar lemak biji rambutan menunjukkan sampel rambutan jenis Garuda memperoleh hasil tertinggi sebesar 36,65% dibandingkan kelima jenis rambutan lainnya. Hubungan antara analisis molekuler dengan analisis kadar lemak ini bisa memberikan informasi dan memeperkuat bahwa pita-pita yang ditemukan pada kisaran tertentu yaitu OPD 10 (500 bp) dan OPD 12 (1000 bp) selaras dengan hasil kadar lemak tertinggi yaitu jenis rambutan Garuda.