Matoa (Pometia pinnata) merupakan tanaman khas Papua yang dibudidayakan untuk diambil buahnya. Buah matoa berpengaruh terhadap peningkatan limbah biji matoa. Biji matoa berpotensi menghasilkan energi baru terbarukan yaitu agrofuel sebagai bahan baku biodiesel. Penelitian mengenai kandungan biji dengan analisis proksimat perlu dilakukan untuk mendapatkan acuan dalam pengembangannya sebagai bahan baku biodiesel kemudian dilanjutkan dengan uji sifat fisik minyak biji matoa untuk mengetahui kelayakan biji matoa sebagai bahan baku biodiesel. Penentuan kadar air metode thermogravimetri (AOAC 1997), kadar abu dengan metode kering, kadar lemak metode soxhlet,  kadar protein metode kjeldahl (AOAC 1970), kadar karbohidrat dengan metode by different, ekstraksi lemak metode soxhlet, dan sifat fisik minyak metode ASTM. Data yang diperoleh dianalisis secara deskriptif dan disajikan dalam bentuk tabel. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan kandungan air, abu, lemak, protein, dan karbohidrat antara biji matoa kulit kuning dan biji matoa kulit merah. Hasil pengujian minyak biji matoa menunjukkan viskositas kinematik 3,9 mm2/s, warna 3,5, titik tuang -15°C, dan kadar air memenuhi standar sebagai bahan baku biodiesel, sedangkan berat jenis 768 kg/m3, titik nyala 14°C, dan titik awan 19°C tidak memenuhi standar sebagai bahan baku biodiesel.