Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor penyebab tingginya frekuensi penolakan Surat Keterangan Asal (SKA) selama web e-ska versi 2 diterapkan sehingga mengakibatkan proses penerbitan SKA menjadi kurang efisien. Pengambilan sampel dalam penelitian ini menggunakan metode consecutive sampling terhadap permohonan SKA yang ditolak selama tujuh bulan milik 8 eksportir yang pengurusannya dibebabankan kepada PT. Jasco Logistics selaku freight forwarder.

Penelitian ini menggunakan metode analisis campuran model sequential explanatory untuk mengetahui seberapa besar tingkat penolakan SKA dan mengetahui akar permasalahan yang menyebabkan penolakan tersebut terjadi.

Hasil dari analisis yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa penolakan SKA terbesar disebabkan oleh kesalahan pengisian data yaitu sebanyak 28 SKA. Dari kesalahan tersebut dapat diketahui akar penyebab utama permasalahan tersebut antara lain, terdapat versi baru sehingga harus beradaptasi dan sering terjadinya server down dan tidak adanya sosialisasi dari IPSKA sehingga mengakibatkan operator kurang paham pengisian data, penyebab terakhir yaitu tenaga kerja kurang teliti dalam pengecekan dan tidak mematuhi SOP.

Kata kunci: Surat Keterangan Asal, freight forwarder, web e-ska.