Matoa (Pometia pinnata JR Forst & G Forst) termasuk dalam keluarga Sapindaceae dan menjadi tanaman khas dan berasal dari Papua. Matoa memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai bahan baku dalam pembuatan biodiesel. Kandungan lemak yang terdapat dalam biji matoa menjadi sumber minyak nabati pembuatan biodiesel. Tujuan penelitian yaitu untuk mendapatkan waktu pengaplikasian kitosan, mendapatkan jenis matoa dan mendapatkan interaksi antara waktu pengaplikasian kitosan dan jenis matoa yang dapat meningkatkan pertumbuhan matoa. Metode penelitian yang digunakan yaitu Rancangan Acak Lengkap dengan dua faktor. Faktor pertama yaitu waktu pengaplikasian kitosan (pagi hari, sore hari, pagi dan sore hari) dan faktor kedua yaitu jenis matoa (matoa merah, matoa hijau dan matoa kuning). Kitosan diberikan dengan konsentrasi 4%. Analisis data dilakukan menggunakan analisis ragam dan apabila menunjukkan signifikan dilanjutkan dengan menggunakan DMRT (Duncan’s Multiple Range Test) pada tingkat galat (?) 5%. Hasil  penelitian pada  12  minggu  setelah  tanam menunjukkan waktu pengaplikasian  kitosan pagi  hari  memberikan  hasil  terbaik  pada  laju fotosintesis tanaman matoa, waktu pengaplikasian kitosan sore hari memberikan hasil terbaik pada tinggi dan laju fotosintesis tanaman matoa, serta waktu pengaplikasian pagi dan  sore  hari memberikan  hasil  terbaik  pada  diameter  batang tanaman  matoa. Pertumbuhan  pada  semua  jenis  matoa  (matoa  merah,  matoa  hijau,  dan  matoa kuning)  sama.  Interaksi  waktu  pengaplikasian  kitosan sore  hari  dengan  jenis matoa hijau memberikan hasil terbaik pada tinggi tanaman matoa, interaksi waktu pengaplikasian  kitosan  sore  hari  dengan  matoa  merah  serta  interaksi  waktu pengaplikasian  kitosan  pagi  hari  dengan  matoa hijau memberikan  hasil  terbaik pada laju fotosintesis tanaman matoa