Eco enzyme merupakan larutan hasil fermentasi yang terbuat dari kulit buah, molase, dan air yang memiliki berbagai manfaat. Salah satu manfaatnya yaitu untuk mengurangi kandungan polutan pada air. Air sungai memiliki peranan penting dalam kehidupan manusia. Namun saat ini hampir semua air sungai tercemar kualitas airnya. Sehingga diperlukan cara untuk mengurangi kandungan polutan pada air sungai. Dengan demikian tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui dosis dan waktu tinggal pencampuran eco enzyme yang paling efisien untuk meningkatkan kualitas air sungai. Penelitian dilaksanakan di Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKLPP) Yogyakarta dengan sampel yang diambil dari air Sungai Kalianyar. Pada penelitian ini, dosis eco enzyme yang digunakan yaitu 5%, 10%, dan 15% dengan waktu tinggal pencampuran 5 hari, 10 hari, dan 15 hari. Parameter yang digunakan yaitu BOD, COD, dan TDS. Hasil uji diperoleh nilai BOD, COD, dan TDS Sungai Kalianyar yaitu 2,7 mg/L, 39,8 mg/L, dan 124 mg/L. Kemudian setelah dilakukan penambahan eco enzyme, nilai uji parameter meningkat. Hasil uji statistic menunjukkan  perubahan nilai hasil uji parameter dipengaruhi oleh dosis eco enzyme, sedangkan waktu tinggal tidak mempengaruhi. Serta diperoleh bahwa tidak terdapat hubungan dosis dan waktu tinggal untuk mempengaruhi perubahan nilai hasil uji parameter. Hal tersebut menunjukkan eco enzyme tidak efisien digunakan untuk mengurangi kandungan BOD, COD, dan TDS air sungai. Namun eco enzyme memiliki potensi pemanfaatan lainnya yaitu sebagai handsanitizer, disinfektan, pupuk, dan dapat mengurangi kandungan polutan air limbah. Agar eco enzyme dapat efisien digunakan maka perlu dilakukan pengenceran dengan air agar tidak pekat saat diaplikasikan.