Simulasi terapi proton untuk kanker nasofaring telah dilakukan menggunakan software MCNP6 dengan metode penyinaran pencil beam scanning. Tujuan dari simulasi ini untuk mengetahui dosis proton yang diterima oleh sel kanker nasofaring dan dosis partikel sekunder yang diterima oleh organ sehat. Sel kanker nasofaring digambarkan memiliki area penyinaran maksimum berbentuk kubus 3x3x3 dengan rusuk 1,8 cm. Arah penyinaran yang dilakukan dari arah kiri dan depan dengan masing-masing menggunakan 3 sumber proton. Variasi vektor yang digunakan pada penyinaran kiri tidak lebih diarahkan ke sebelah atas agar tingkat isodosis sel kanker lebih baik. Energi yang digunakan untuk penyinaran dari arah depan yaitu 110 MeV, 109,7 MeV dan 103,5 MeV dan dari arah depan menggunakan energi 105 MeV, 104 MeV dan 98 MeV. Hasil simulasi diperoleh dosis total proton yang diterima oleh sel kanker sebesar (2,2 ± 0,021) Gy/proton dengan tingkat isodosis 90,16?ri arah kiri dan dosis dari arah depan yang diperoleh sebesar (2,3 ± 0,020) Gy/proton dengan tingkat isodosis 96,52%. Organ sehat yang menerima dosis sekunder paling besar adalah kerangka wajah dengan perbandingan dengan dosis yang diterima oleh sel kanker sebesar 0,12%. Waktu penyinaran total dari arah kiri fantom sebesar 16,31 ± 0,036 sekon dan dari arah depan fantom sebesar 17,07 ± 0,039 sekon