Penelitian ini bertujuan untuk: 1) Menghasilkan e-modul berbasis Discovery Learning dipadu Scaffolding pada materi virus untuk memberdayakan kemampuan literasi sains siswa kelas X; 2) Menguji kelayakan e-modul berbasis Discovery Learning dipadu Scaffolding pada materi virus untuk memberdayakan kemampuan literasi sains siswa kelas X; 3) Menguji efektivitas e-modul berbasis Discovery Learning dipadu Scaffolding pada materi virus untuk memberdayakan kemampuan literasi sains siswa kelas X. Penelitian yang dilaksanakan adalah penelitian pengembangan dengan jenis penelitian dan pengembangan (R&D). Dasar pengembangan yang dilakukan mengacu pada model pengembangan Borg & Gall (1983) yang terdiri atas 10 langkah yaitu: (1) penelitian dan pengumpulan informasi (2) perencanaan (3) pengembangan produk awal (4) uji coba produk awal (5) revisi produk awal (6) uji coba lapangan terbatas (7) revisi produk kedua (8) uji lapangan operasional (9) revisi produk akhir (10) diseminasi dan implementasi. Tahap penelitian dan pengumpulan informasi melalui studi lapangan (wawancara guru, analisis bahan ajar, dan analisis kebutuhan siswa) dan studi literatur. Uji kelayakan dilakukan oleh validator ahli materi virus, validator ahli media, dan validator ahli pembelajaran. Uji kepraktisan dinilai oleh guru pembelajaran dan siswa melalui uji coba lapangan terbatas. Uji keefektifan pada uji lapangan operasional dilakukan dengan menggunakan desain peneltian nonrandomized control group, pretest-posttest design. Teknik pengambilan sampel uji lapangan operasional yakni menggunakan cluster random sampling. Kelas yang digunakan dalam uji keefektifan telah diuji sebelumnya menggunakan uji kesetaraan. Uji keefektifan dilakukan melalui uji-t (independent sample t-test) dengan taraf signifikansi 5% dan perhitungan N-Gain. Hasil penelitian menunjukkan bahwa e-modul berbasis Discovery Learning dipadu Scaffolding pada materi virus yang dikembangkan menunjukkan kelayakan materi sebesar 95,4%, kelayakan perangkat pembelajaran sebesar 88,9%, kelayakan instrumen sebesar 93%, dan kelayakan media sebesar 90,6%. Hasil independent sample t-test menunjukkan bahwa terdapat perbedaan rata-rata literasi sains pada kelas eksperimen dan kontrol dengan nilai signifikan 0,015 dan N-Gain sebesar 0,135 dengan kategori sedang. E-modul berbasis Discovery Learning dipadu Scaffolding pada materi virus efektif untuk memberdayakan literasi sains siswa.