Cabai merah (Capsicum annuum L.) merupakan komoditas pangan dengannilai ekonomi yang tinggi. Permintaan cabai selalu bertambah setiap tahunnya seiringdengan pertumbuhan penduduk serta perkembangan industri yang mengunakan bahanbaku cabai. Untuk meningkatkan kualitas dan kuantitas produksinya maka dilakukanpersilangan antara cabai merah varietas Laris yang memiliki jumlah produktivitasyang tinggi dengan varietas SSP yang memiliki daya simpan yang tinggi olehkelompok peneliti BRIN. Hasil F2 dari persilangan tersebut diharapkan dapatmembawa sifat turunan unggul dari para tetua, oleh karenanya dilakukan identifikasikeragaman genetik menggunakan marka molekuler SSR. Simple Sequence Repeat(SSR) merupakan marka molekuler dengan prinsip kerja yang mengacu pada teknikPolymerase Chain Reaction (PCR).Penelitian ini menggunakan 13 marka SSR (Simple Sequence Repeat) terhadap24 genotipe cabai merah dan analisis keragaman genetik dengan menggunakanprogram perangkat lunak Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System(NTSYS) 2.0. Berdasarkan hasil PCR dan variasi alel yang muncul menunjukkanadanya keragaman genetik pada populasi F2 persilangan dari tetua SSP dan Laris. Populasi F2 terbagi dalam 6 klaster berdasarkan koefisien kemiripan 0.798. Progeniyang berada dalam klaster terpisah dengan kedua tetua sejumlah 13 nomor dapatdijadikan sebagai bibit unggul baru tahan daya simpan. Perlu dilakukan penelitianberdasarkan karakter morfologi cabai pada populasi F2 dan tetua untuk melihatkeragaman berdasarkan fenotipe sebagai pembanding dari hasil marka molekuler SSR.