Cabai merah (Capsicum annuum L.) merupakan komoditas pangan dengan

nilai ekonomi yang tinggi. Permintaan cabai selalu bertambah setiap tahunnya seiring

dengan pertumbuhan penduduk serta perkembangan industri yang mengunakan bahan

baku cabai. Untuk meningkatkan kualitas dan kuantitas produksinya maka dilakukan

persilangan antara cabai merah varietas Laris yang memiliki jumlah produktivitas

yang tinggi dengan varietas SSP yang memiliki daya simpan yang tinggi oleh

kelompok peneliti BRIN. Hasil F2 dari persilangan tersebut diharapkan dapat

membawa sifat turunan unggul dari para tetua, oleh karenanya dilakukan identifikasi

keragaman genetik menggunakan marka molekuler SSR. Simple Sequence Repeat

(SSR) merupakan marka molekuler dengan prinsip kerja yang mengacu pada teknik

Polymerase Chain Reaction (PCR).

Penelitian ini menggunakan 13 marka SSR (Simple Sequence Repeat) terhadap

24 genotipe cabai merah dan analisis keragaman genetik dengan menggunakan

program perangkat lunak Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System

(NTSYS) 2.0. Berdasarkan hasil PCR dan variasi alel yang muncul menunjukkan

adanya keragaman genetik pada populasi F2 persilangan dari tetua SSP dan Laris. Populasi F2 terbagi dalam 6 klaster berdasarkan koefisien kemiripan 0.798. Progeni

yang berada dalam klaster terpisah dengan kedua tetua sejumlah 13 nomor dapat

dijadikan sebagai bibit unggul baru tahan daya simpan. Perlu dilakukan penelitian

berdasarkan karakter morfologi cabai pada populasi F2 dan tetua untuk melihat

keragaman berdasarkan fenotipe sebagai pembanding dari hasil marka molekuler SSR.