Konsumsi kedelai dalam bentuk olahan sangat tinggi, namun produksi kedelai dalam negeri belum mencukupi kebutuhan. Hal ini menyebabkan tingkat impor kedelai terus meningkat setiap tahunnya. Produksi kedelai perlu ditingkatkan sebagai upaya pemenuhan kebutuhan pangan. Ekstensifikasi pertanian dapat dilakukan untuk meningkatkan produksi kedelai, salah satunya dengan penggunaan sistem agroforestri.  Budidaya agroforestri memiliki permasalahan intensitas cahaya dan kesuburan tanah yang rendah. Upaya yang dapat dilakukan untuk mendukung pertumbuhan dan hasil tanaman dalam sistem agroforestri yaitu dengan pemupukan. Pupuk organik bisa didapatkan dengan memanfaatkan sumber daya lokal seperti limbah pertanian. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji peran pupuk organik terhadap pertumbuhan, hasil, serapan hara, dan kualitas tanah dalam sistem agroforestri. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April sampai Agustus 2022 di Kawasan Hutan dengan Tujuan Khusus (KHDTK) Gunung Bromo (7°35'13.0"LS, 110°59'35.7"BT) dengan ketinggian 254 mdpl di Jl. Derpoyudo, Pelet, Gedong, Kecamatan Karanganyar, Kabupaten Karanganyar, Jawa Tengah. Jenis penelitian adalah penelitian eksperimental menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL) dengan 1 faktor perlakuan yaitu pemupukan. Faktor pemupukan ini terdiri dari 4 macam yaitu pupuk anorganik (urea 50 kg/ha; SP36 100 kg/ha; KCl 100 kg/ha), pupuk limbah ekstraksi I. tinctoria (5 ton/ha), pupuk tongkol jagung (5 ton/ha), dan pupuk hijau kacang tanah (5 ton/ha). Tiap perlakuan terdiri dari 5 ulangan. Data yang telah diperoleh dianalisis dengan anova (? 5%), uji lanjut DMRT (? 5%), dan uji Korelasi Pearson. Hasil penelitian menunjukkan pupuk organik berhasil meningkatkan pertumbuhan dan hasil kedelai di bawah tegakan pinus dibanding pupuk anorganik. Aplikasi pupuk hijau kacang tanah sebanyak 5 ton/hektar menghasilkan pertumbuhan dan hasil paling tinggi dibandingkan perlakuan pupuk yang lain. Pupuk organik berhasil meningkatkan serapan hara kedelai di bawah tegakan pinus. Aplikasi pupuk hijau kacang tanah sebanyak 5 ton/hektar menghasilkan serapan nitrogen dan kalium tertinggi, sedangkan serapan fosfat tertinggi dihasilkan oleh aplikasi pupuk tongkol jagung. Pupuk organik dengan dosis 5 ton/hektar belum menunjukkan pengembalian hara tanah yang hilang dan digunakan oleh kedelai, namun aplikasi pupuk organik berhasil mempertahankan pH tanah mendekati netral dibanding aplikasi pupuk anorganik.