Terapi proton adalah salah satu alternatif dari berbagai jenis radioterapi yang digunakan dalam pengobatan tumor dengan keunggulan mampu memancarkan radiasi yang terfokus pada sel tumor dan sedikit mengenai sel sehat di sekitarnya. Pemodelan terapi proton untuk pengobatan tumor kraniofaringioma dilakukan menggunakan kolimator pencil beam dengan variasi arah penyinaran dilakukan menggunakan perangkat lunak MCNP6. Simulasi terapi dilakukan pada phantom kepala dan leher dengan sel tumor yang dimodelkan ke dalam geometri area penyinaran berbentuk kubus dengan ukuran rusuk 1,2 cm yang dipartisi menjadi 27 kubikel kecil dengan ukuran rusuk kubikel kecil 0,4 cm. Sumber penyinaran dari arah kanan, kiri, dan atas area penyinaran dengan diameter 0,4 cm diarahkan ke masing-masing kubikel kubus. Hasil simulasi berupa distribusi dosis proton dan dosis total dengan persentase keseragaman dosis untuk masing-masing arah sumber penyinaran pada area penyinaran. Organ sehat di sekitar area penyinaran menerima dosis yang kecil dibandingkan dengan dosis yang diterima oleh sel tumor dan mayoritas masih berada di bawah batas nilai Organ At Risk (OAR). Variasi arah sumber penyinaran menunjukkan bahwa penyinaran dari arah kanan area penyinaran merupakan arah yang paling disarankan dengan tingkat keseragaman dosis sebesar 83,47% dan organ sehat menerima dosis paling besar yaitu pada bagian otak dengan pebandingan 0,46% relatif terhadap dosis total yang diterima sel tumor.