Pala (Myristica, spp) merupakan tanaman rempah  berbentuk pohon yang berasal dari kepulauan Maluku dan dikenal sebagai tanaman rempah asli Indonesia yang bernilai ekonomi tinggi.  Populasi Pala yang dibudidayakan di Maluku Utara memiliki kerabat liar  yang tumbuh secara alami di hutan-hutan pulau Halmahera dan pulau Bacan, namun informasi struktur populasi, pola penyebaran maupun keragaman genetik Pala liar belum dilaporkan dalam penelitian-penelitian terdahulu. Populasi liar tumbuhan, termasuk Pala liar merupakan sumber gen yang penting untuk meningkatkan nilai komersial melalui pemuliaan tanaman. 
Penelitian ini bertujuan untuk: 1) Menentukan komposisi dan struktur populasi Pala liar yang tumbuh di hutan Pulau Halmahera, 2) Menentukan keragaman morfologi dan kekerabatan Pala liar yang tumbuh di hutan Pulau  Halmahera dan, 3) Menentukan keragaman genetik dan kekerabatan populasi Pala liar  yang tumbuh di hutan Pulau Halmahera berdasarkan penanda RAPD.
Penelitian dilakukan dalam tiga kajian yaitu: (1). Analisis vegetasi habitat alami Pala liar  (myristica spp) di hutan Halmahera, Maluku Utara, menggunakan metode sampling dengan  teknik sampling tanpa petak contoh (plotless sampling technique). (2) Analisis genetik Pala liar (myristica spp) pada habitat alami di hutan Halmahera, Maluku Utara berdasarkan karakter morfologi, menggunakan metode deskriptif  terhadap karakter  buah, daging buah, biji, fuli, dan daun secara kualitatif  maupun  kuantitatif, dan (3)  Analisis genetik tumbuhan Pala liar (myristica spp) di hutan Halmahera, Maluku Utara berdasarkan marka RAPD (random amplified polymorphic DNA).
Hasil penelitian mengungkapkan bahwa secara alamiah Myristica spp  dapat tumbuh dan berkembang di bawah vegetasi yang ber-basal area luas  dari jenis Ficus benjamina, Vatica Papuana, Paraserianthes falcataria, Vitex cofassus, dan Mimusops elengi.  Jenis  Pometia pinnata dan  Duabanga moluccana  dapat  berpengaruh terhadap faktor lingkungan pada habitat alami Myristica spp, karean memiliki INP yang cukup tinggi walaupun keberadaannya tidak dominan.  Myristica spp, Euterpe edulis,  dan Macaranga sp adalah jenis vegetasi pada habitat alami Pala liar dengan dominansi sekaligus INP yang tinggi. Euterpe edulis dapat digunakan sebagai indicator kekhasan habitat alami Pala liar (Myristica spp), sedangkan Macaranga sp mengindikasikan telah terjadi perubahan ekosistem habitat alami Pala liar (Myristica spp).  Habitat alami Pala liar di hutan Halmahera, Maluku Utara tergolong memiliki ekosistem yang stabil dengan tingkat gangguan yang kecil. 
Hasil karakterisasi morfologi aksesi-aksesi Pala liar yang diamati di hutan Halmahera, Maluku Utara pada blok Wayamli, blok Maba-Bicoli, dan blok Patani memiliki karakter morfologi  yang beragam. Pengelompokkan aksesi-aksesi Pala liar yang diamati, membentuk kelompok yang  berbasis tempat tumbuhnya,  berkerabatan dekat dan membentuk satu sub kelompok dengan kemiripan yang tinggi. Selain itu terdapat pula kecenderungan yang berbeda, yaitu dengan membentuk sub kelompok berdasarkan kemiripan  karakter morfologi antar aksesi, bukan berdasarkan tempat tumbuhnya. 
Aksesi-aksesi Pala liar yang teramati Wayamli cenderung memiliki kemiripan karakter morfologi yang tinggi  dengan aksesi-aksesi Pala liar yang tumbuh di Maba-Bicoli, dan berbeda karakter morfologi  dengan aksesi-aksesi Pala liar yang terdapat di Patani. Selanjutnya, aksesi-aksesi Pala liar  di Maba-Bicoli berkemiripan dengan karakter morfologi aksesi-aksesi Patani.  Secara geografis, Wayamli dan Maba-Bicoli berada dalam satu wilayah yang sama, yaitu Kabupaten Halmahera Timur, sedangkan Maba-Bicoli dan Patani berada dalam kawasan yang sama walupun berbeda kabupaten, sehingga ada kemungkinan terdapat  karakteristik tanah dan iklim yang sama berpengaruh terhadap karakter morfologi dan diferensiasi genetik akibat kesamaan distribusi faktor lingkungan pada populasi Pala liar. 
Secara fenetik, Pala liar di Halmahera memiliki hubungan genetik, baik antar aksesi Pala liar maupun  hubungannya dengan Pala Banda yang di budidayakan di Ternate dengan ekotipe yang berbeda. Aksesi Wayamli8 (A16) dan aksesi Maba-Bicoli21 (A21) memiliki kemiripan yang tinggi dengan Pala Banda Varietas Ternate 1 (AT-1). Hal ini memungkinkan  kedua aksesi tersebut termasuk jenis Pala Banda (Myristica fragrans L) yang tumbuh liar di hutan Halmahera. Alasan ini didukung pula oleh karakter morfologi yang mirip antara sampel A16, A21, dan AT-1. Hal ini menunjukkan adanya hubungan genetik yang dekat antara aksesi Wayamli8, aksesi Maba-Bicoli21, dan Varietas Ternate 1,  walaupun tumbuh pada lingkungan yang berbeda, yaitu di Pulau Halmahera dan Pulau Ternate. Hasil analisis koordinat utama berdasarkan sampel Pala memperlihatkan bahwa terjadi pengelompokan pada sampel Pala nomor A16, A21, AT-1 dalam satu kuadran. Hal ini menunjukkan bahwa Pala liar aksesi Wayamli8 dan aksesi Maba-Bicoli21 memiliki kemiripan yang positif dengan Pala Banda varietas Ternate 1, implikasinya adalah  kedua aksesi tersebut dapat menjadi target seleksi dan domestikasi.