Kedelai merupakan tanaman penting di Indonesia dengan kebutuhan yang terus meningkat setiap tahun, seiring pertumbuhan penduduk. Namun menurut Kementrian Pertanian produksi kedelai di Indonesia diperkirakan akan terus menurun hingga 2024. Hal ini disebabkan oleh alih fungsi lahan pertanian menjadi pemukiman, industri, dan sebagainya. Upaya yang bisa dilakukan adalah menanam kedelai di lahan kehutanan dibawah tegakan pohon dengan sistem agroforestri. Kedelai merupakan tanaman yang toleran terhadap naungan sehingga dapat untuk dibudidayakan secara agroforestri. Salah satu tegakan yang berfungsi sebagai naungan dalam sistem agroforestri adalah Mahoni. Mengingat bahwa terdapat beberapa kendala dalam budidaya kedelai pada agroforestri, maka dilakukan pemupukan, dengan pupuk organik yang berasal dari limbah pertanian sebagai upaya dalam mengurangi penggunaan pupuk anorganik, serta mendukung pertanian berkelanjutan. Pupuk organik digunakan untuk menunjang kebutuhan hara kedelai dengan tetap menjaga kualitas tanah. Pupuk organik yang digunakan berbahan baku limbah ekstraksi indigofera, limbah tongkol jagung, serta brangkasan kacang tanah.

Penelitian dilakukan di KHDTK Gunung Bromo UNS, Karanganyar mulai bulan April-Oktober 2022. Jenis penelitian adalah penelitian eksperimental menggunakan rancangan acak kelompok lengkap (RAKL) dengan 1 faktor perlakuan yaitu pemupukan. Faktor pemupukan ini terdiri dari 4 macam yaitu pupuk anorganik (urea 50 kg/ha; SP36 100 kg/ha; KCl 100 kg/ha), pupuk organik limbah ekstraksi indigofera (5 ton/ha), pupuk organik tongkol jagung (5 ton/ha), dan pupuk organik brangkasan kacang tanah (5 ton/ha). Tiap-tiap perlakuan terdiri dari 5 ulangan sehingga terdapat 20 petak/satuan percobaan. Data yang telah diperoleh dianalisis dengan anova (α 5%), uji lanjut DMRT (α 5%), dan uji Korelasi Pearson. Benih kedelai yang digunakan adalah Dena-1. Ukuran petak adalah 3 m × 1,5 m dengan jarak tanam 20x30 cm. Variabel yang diamati meliputi pertumbuhan dan hasil (tinggi tanaman, jumlah daun, jumlah nodus, panjang internodus, panjang akar terpanjang, jumlah bintil akar, umur berbunga, bobot basah, bobot kering, indeks luas daun, luas daun spesifik, jumlah biji per tanaman, bobot biji per tanaman, bobot 100 biji, dan produksi biji per hektar). Pengamatan pertumbuhan dilakukan setiap minggu, untuk pengamatan destruktif dilaksanakan setiap dua minggu. Hasil kedelai diamati pada saat umur kedelai mencapai 11 minggu setelah tanam.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan pupuk organik berbahan baku limbah pertanian dibandingkan dengan pupuk anorganik memberikan hasil yang sama. Aplikasi beberapa jenis pupuk organik, tidak didapatkan pupuk yang memberikan hasil terbaik terhadap pertumbuhan dan hasil kedelai pada sistem agroforestri mahoni. Hasil penelitian dapat disimpulkan juga bahwa aplikasi pupuk organik berbahan baku limbah pertanian mampu meningkatkan sifat kimia berupa kadar N, P, dan K tanah pada sistem agroforestri mahoni.