Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen MSTN-F94L dan tampilan fenotip pada sapi hasil persilangan. 27 sampel darah dari sapi hasil persilangan dan sapi kontrol. Sampel darah terdiri dari 5 sampel sapi limousin, 5 sampel sapi simmental, 6 sampel sapi LimPO, 5 sampel sapi SimPO, 2 sampel sapi PO, 2 sampel sapi Bali, dan 2 sampel sapi Madura. Ampllifikasi gen MSTN menggunakan primer forward 5’-AGATTCACTGGTGTGGCAAGT-‘3 dan primer reverse 5’-TTTCCCCTCCTCCTTACATACA-‘3 dengan ukuran produk PCR 630bp. RFLP variasi F94L gen MSTN menggunakan enzim TaqI. Variasi F94L gen MSTN diperoleh 2 alel yakni alel C dan A dengan genotipe AA (630bp), C/A (630, 414, dan 216bp), dan C/C (414, dan 216bp). Perbandingan keragaman tampilan fenotip menunjukkan bahwa sapi hasil persilangan yakni LimPO dan SimPO memiliki rataan bobot tubuh diatas induk betina yang merupakan sapi lokal (PO) namun, lebih rendah dari induk jantan yang merupakan sapi impor. Hal tersebut mengkonfirmasi bahwa hasil persilangan membawa pengaruh hybrid vigor atau heterosis kedua tetuanya.