Rekrekan (Presbytis fredericae) merupakan primata endemik Jawa Tengah yang memiliki status rentan, hidup pada habitat yang mengalami kerusakan. Maka dari itu, rekrekan perlu melakukan adaptasi untuk merespon perubahan ketersediaan pakan. Namun, proses adaptasi rekrekan dapat terganggu karena keanekaragaman dan kualitas tumbuhan pakan di hutan menurun. Kerusakan hutan dapat mempengaruhi kelangsungan dan keberadaan dari populasi rekrekan. Oleh karena itu, memastikan komposisi pakan dari rekrekan penting untuk menentukan bagaimana upaya konservasinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komposisi pakan rekrekan melalui analisis metabarcoding DNA yang didapatkan dari feses rekrekan, sehingga dapat menjadi sumber informasi untuk mendukung penusunan strategi konservasi rekrekan. metode non-invasif dilakukan dengan menganalisis 13 sampel feses rekrekan yang diperoleh dari hutan sekunder tua dan sekunder muda di Taman Nasional Gunung Merbabu (TNGMb). Penelitian ini menggunakan mini barcode untuk mengurutkan gen ribulosa-bifosfat karboksilase pada DNA mitokondria tanaman yang dikonsumsi oleh rekrekan dengan menggunakan Next Generation Sequence (NGS). Unit Taksonomi Operasional (OTU) yang dihasilkan dari NGS dapat menjelaskan jenis makanan yang dikonsumsi rekrekan. Validasi OTU dilakukan dengan menggunakan data sekunder vegetasi pada habitat rekrekan di TNGMb. NGS menghasilkan 132 OTU yang berasal dari 15 spesies dan 14 famili tumbuhan. Persentase tumbuhan bawah dan pohon yang dikonsumsi rekrekan tidak terpaut jauh. Hal ini mengindikasikan bahwa rekrekan yang aktivitas pakan dilakukan sebagian besar di atas pohon dapat turun ke lantai hutan untuk memenuhi kebutuhan pakannya.