Metode: Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan jenis penelitianpotong lintang. Penelitian dilakukan di RSUD Dr. Moewardi selama bulanAgustus-Desember 2023. Ekspresi caspase-3 dan protein p21 dinilai denganmenggunakan pengecatan imunohistokimia dengan melihat presentase danintensitas inti sel dan sitoplasma yang terwarnai dan dikelompokkan berdasarkanmetode semikuantitatif. Analisis data menggunakan SPSS 22.0 dengan uji chisquare.Hasil: Dari dua puluh lima subjek KA, 17 subjek (68%) berjenis kelamin laki-laki,dengan usia terbanyak 21-30 tahun, belum menikah, hubungan seksual secaraheteroseksual dengan genito-genital dan genital-oral, lokasi terbanyak di genitaldan durasi penyakit ≥ 6 bulan. Ekspresi negatif protein p21 tidak signifikanterhadap KA (C: 0,122, p=0.539), sedangkan ekspresi kuat caspase-3 signifikanterhadap KA (C: 0,492, p=0.018).Kesimpulan: Ekspresi protein p21 tidak dapat dijadikan sebagai penanda apoptosisnamun tidak bisa dijadikan penanda prognosis pada kondiloma akuminata,sedangkan ekspresi caspase-3 (ekspresi kuat) dapat dijadikan sebagai penandaapoptosis dan prognosis pada kondiloma akuminata