Bioinformatika merupakan bidang dinamis yang menggabungkan biologi dan ilmu komputer untuk memeroleh, menyimpan, menganalisis, dan menyebarkan data biologi. Tujuan dari penelitian adalah: (1) mengetahui profil awal research skills mahasiswa Pendidikan Biologi, (2) mengetahui karakteristik produk modul perkuliahan keanekaragaman tumbuhan tinggi berbasis data bioinformatika untuk memberdayakan research skills mahasiswa; (3) menguji kelayakan modul perkuliahan; (4) menguji efektivitas modul perkuliahan; dan (5) mengetahui respons mahasiswa terhadap penggunaan modul tersebut. Metode yang digunakan, yaitu Multiphase Mixed Method Design dengan 3 fase dimulai dengan fase kuantitatif pada tahap pertama, fase kualitatif pada tahap kedua, dan terakhir fase kuantitatif. Sampel yang digunakan adalah mahasiswa Pendidikan Biologi semester 3 yang menempuh mata kuliah KKP, dengan tes tertulis research skills, panduan wawancara, dan lembar penilaian respons mahasiswa sebagai instrumennya. Analisis data kualitatif dilakukan secara deskriptif, sedangkan data kuantitatif dianalisis dengan deskriptif kuantitatif, N-Gain, dan Uji T. Temuan menunjukkan bahwa research skills awal mahasiswa mayoritas berada pada kategori cukup. Uji kelayakan modul perkuliahan mendapatkan skor rata-rata 90,83% (sangat layak) dari ahli media, 87,92% (sangat layak) dari ahli materi, dan 90,42% (sangat layak) dari dosen praktisi mata kuliah. Uji efektivitas dengan N-Gain menunjukkan efektivitas pada kategori sedang, dan analisis statistik dengan paired sample t-test menunjukkan adanya perbedaan nilai research skills yang signifikan setelah menggunakan modul berdasarkan nilai pre-test dan post-test pada kelas eksperimen. Terakhir, respons siswa terhadap penggunaan modul termasuk pada kategori positif dengan rata-rata 83,97%.