Iklim tropis membuat Indonesia kaya akan keanekaragaman anggrek. Anggrek diketahui membentuk asosiasi dengan bakteri endofit, utamanya pada bagian akar. Bakteri endofit adalah salah satu topik yang menarik untuk dipelajari karena potensinya sebagai pemacu pertumbuhan tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman bakteri endofit akar anggrek Malaxis kobi dan Dendrobium sagittatum dari Taman Nasional Gunung Merbabu, Indonesia. Bakteri endofit diidentifikasi melalui metaprofiling berdasarkan gen penanda 16S rRNA. Pada akar anggrek yang telah disterilisasi permukaannya dilakukan ekstraksi DNA bakteri endofit yang ada pada bagian dalam jaringan akar. Sekuensing dilakukan dengan teknologi Next-Generation Sequencing dari platform Illumina. 1840 OTU (Operational Taxonomic Unit) ditemukan pada akar M. kobi dan 811 OTU pada akar D. sagittatum. Nilai ⍺-diversity menunjukkan pada akar M. kobi ditemukan spesies bakteri endofit yang lebih banyak dibandingkan pada akar D. sagittatum, akan tetapi kemerataan jumlah masing-masing spesiesnya lebih rendah. Kedua akar anggrek didominasi oleh bakteri dari filum Proteobacteria. Rhodanobacter ditemukan dengan kelimpahan relatif yang tinggi pada akar M. kobi, sedangkan pada akar D. sagittatum ditemukan Serratia dan Pseudomonas dengan kelimpahan relatif yang tinggi. Berdasarkan referensi dapat diketahui bahwa bakteri endofit yang diisolasi dari kedua akar anggrek berpotensi sebagai bakteri pemacu pertumbuhan tanaman.