Purwoceng (Pimpinella pruatjan Molk.) merupakan tanaman obat yang tumbuh di dataran tinggi. Akarnya mengandung senyawa metabolit sekunder dan memiliki bioaktivitas salah satunya antibakteri. Pencarian senyawa antibakteri baru dapat dilakukan dari berbagai sumber termasuk fungi endofit. Fungi endofit tumbuh pada jaringan inang dan beberapa di antaranya menghasilkan senyawa yang mirip dengan inang. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi fungi endofit akar purwoceng dan mendeteksi kandungan senyawa metabolit sekunder, serta screening aktivitas antibakteri filtrat kultur isolatnya. Metode penelitian terdiri dari isolasi fungi endofit akar purwoceng, pengamatan karakter morfologi isolat fungi endofit, produksi senyawa metabolit sekunder isolat fungi endofit dalam media cair dan pembuatan filtrat kultur isolat, deteksi senyawa metabolit sekunder filtrat kultur isolat (alkaloid, saponin, terpenoid, triterpenoid, steroid, dan fenol) menggunakan metode kualitatif konvensional, serta screening aktivitas antibakteri filtrat kultur isolat terhadap bakteri uji Escherichia coli dan Staphylococcus aureus menggunakan metode difusi cakram. Data berupa isolat fungi endofit dan karakternya (makroskopis dan mikroskopis), kandungan senyawa metabolit sekunder, serta aktivitas antibakteri dianalisis secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan diperoleh 6 isolat fungi endofit yang yang teridentifikasi sebagai  Fusarium sp. 1, Fusarium sp. 2, Fusarium sp. 3, Aspergillus sp., Rhizoctonia sp., dan satu isolat belum teridentifikasi. Filtrat kultur isolat fungi endofit mengandung senyawa alkaloid, terpenoid, triterpenoid, steroid, dan saponin. Hanya fungi Aspergillus sp. yang menunjukkan aktivitas antibakteri terhadap S. aureus dengan diameter zona hambat sebesar13,85 ± 1,39 mm.