Pertumbuhan ekonomi menjadi salah satu target yang ingin ditingkatkan oleh pemerintah Indonesia. Namun jika pertumbuhan ekonomi itu hanya meningkat dan terkonsentrasi di beberapa wilayah saja, tak menutup kemungkinan akan menimbulkan ketimpangan. Ketimpangan ekonomi antarwilayah dapat diukur dengan beberapa alat ukur salah satunya dengan menggunakan Indeks Williamson (IW). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh Indeks Pembangunan Manusia (IPM), Pendapatan Asli Daerah (PAD), persentase penduduk miskin, fasilitas kesehatan, dan Penanaman Modal Dalam Negeri (PMDN) terhadap ketimpangan ekonomi di Pulau Jawa dengan menggunakan regresi data panel. Terdapat tiga pendekatan pada regresi data panel yaitu Common Effect Model (CEM), Fixed Effect Model (FEM), dan Random Effect Model (REM). Untuk menentukan model terbaik dari ketiga pendekatan, dapat dilakukan uji Chow dan uji Hausman. Didapatkan hasil bahwa model yang baik untuk memodelkan ketimpangan ekonomi adalah Fixed Effect Model (FEM). Dikarenakan terjadi masalah heteroskedastisitas dan terdapat korelasi antar unit cross-section, maka dilakukan pembobotan dengan cross-section Seemingly Unrelated Regression (SUR) pada fixed effect model. Diperoleh hasil bahwa persentase penduduk miskin berpengaruh positif terhadap ketimpangan ekonomi di Pulau Jawa, fasilitas kesehatan berpengaruh positif terhadap ketimpangan ekonomi di Pulau Jawa, serta Penanaman Modal Dalam Negeri (PMDN) berpengaruh negatif terhadap ketimpangan ekonomi di Pulau Jawa. Sedangkan untuk Indeks Pembangunan Manusia (IPM) dan Pendapatan Asli Daerah (PAD) tidak berpengaruh terhadap ketimpangan ekonomi di Pulau Jawa selama tahun 2012-2021.