Penelitian ini dilatar belakangi adanya transformasi sistem digital logistik yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai. Kemunculan Costums-Excise Information System and Automation (CEISA) yang berbasis aplikasi menjadi bentuk dari terealisasinya transformasi tersebut. Implementasi sistem CEISA 4.0 diharapkan dapat membantu proses dokumen kepabeanan secara efisien, cepat, akurat dan transparan. Namun pada kenyataannya sistem tersebut belum berjalan sesuai dengan harapan.Penelitian ini menggunakan metode kualitatif deskriptif untuk menganalisis lebih dalam proses implementasi sistem CEISA 4.0. Teknik analisis yang digunakan fishbone yang membantu dalam identifikasi dan visualisasi data. Hasil analisis menunjukkan implementasi sistem CEISA 4.0 belum berjalan lancar karena adanya beberapa kendala yang di temukan saat diterapkan pada pembuatan dokumen PIB. Kendala tersebut dapat berimbas pada penurunan kinerja tim EDI. Selain itu, hasil menunjukkan adanya perusahaan outsourcing cukup membantu dalam peningkatan kinerja.