Mikroalga perifiton adalah mikroalga yang hidup menempel pada substrat di perairan dan mampu merespons bahan polutan terlarut, sehingga mampu memberikan informasi tentang kondisi kualitas suatu perairan. Perifiton melibatkan berbagai organisme mikroskopis, termasuk alga, bakteri, dan organisme lainnya yang dapat tumbuh di tanaman air seperti di eceng gondok (Eichhornia crassipes). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kelimpahan dan jenis mikroalga perifiton yang menempel pada eceng gondok di waduk Cengklik. Metode penelitian yang digunakan purpose random sampling didasarkan adanya ekosistem eceng gondok yang ada di perairan yang melibatkan pengambilan sampel dari empat stasiun di sebelah barat dan timur Waduk Cengklik pada pagi hari. Pengujian dilakukan setiap pekan sekali sebanyak tiga ulangan untuk setiap stasiun di ambil tiga eceng gondok yang memiliki tujuh batang yang sudah berbunga beserta mikroalga perifitonnya yang menempel pada batang eceng gondok. Pengambilan perifiton dilakukan dengan pengerikan batang eceng gondok lalu dimasukan ke dalam plankton net dan di guyur air sebanyak 5 liter air kran lalu perifiton akan tersaring masuk ke dalam botol flakon, selanjutnya ditetesi alkohol 70% sebanyak 3 tetes. Analisis mikroalga perifiton dilakukan di laboratorium FMIPA UNS dengan menggunakan mikroskop cahaya lalu diidentifikasi jenis dan kelimpahannya berdasarkan morfologi menggunakan buku-buku acuan yang relevan serta sumber internet. Selain itu, parameter kecerahan air, pH, suhu, DO air, dan arus air juga diukur untuk memahami korelasi antara mikroalga perifiton dan lingkungan perairan. Hasil penelitian diperoleh 6 jenis mikroalga perifiton yaitu : Spyrogyra varians, Anabaena circinalis, Ankistrodesmus spiralis, Microcystis aeruginosa, Planktothrix agardhii, dan Phacus longicauda. Jumlah mikroalga yang di perolehan sebesar 298 individu dengan rata-rata kelimpahan setiap titik stasiun sebanyak 20,75. Jenis paling dominan adalah Anabaena circinalis.